İslama bağlılıq, Hindu mədəniyyətini mənimsəmiş olan Macapahit hakimlərinə qarşı bir qorunma vasitəsi olaraq ortaya çıxınca İslami çevrə bir anda genişlədi. Şimal sahilləri xalqı da İslamiyəti qəbul etdi və silaha sarılaraq Macapahitlərə qarşı savaşdı. 1520-ci illərdə y Demak sultanı Raden Patah son Macapahit hakiminə qarşı zəfər əldə edərək Hindu hakimiyyətinə son verdi. İslamiyətin müstəqilliyə çatmaqda önəmli bir ünsür təşkil etdiyinin anlaşılması üzərinə öncəki dönəmdə hakim sinfi təşkil edənlər durumlarını qorumaq üçün İslamiyəti qəbul etmək məcburiyyətində qaldılar. Beləcə yeni düzəndə özlərinə bir yer edərək sosial həyatdakı köhnə durumlarını qismən də olsa qoruya bildilər. XVI əsrin sonlarına doğru Orta Yava bölgəsində Mataram sultanlığı adıyla geniş bir siyasi güc ortaya çıxdı (1575).

Bu yeni dövlət Yava şimal sahili İslam dövlətləri kimi tamamilə İslami bir dövlət görüntüsü vermədi. Mataram hakimləri müsəlman olmaqla birlikdə onların hakimiyyətində qədim Hindu Macapahit krallığı dönəmindən qalma bir sıra siyasi ünsürlərin izlərini görmək mümkündür. Mataram sultanlığı hakimiyyətində qədim dönəmə aid Macapahit hakim və aristokratları fəaliyətlərini sürdürdülər. Mataram hüquq sistemi şimal sahili dövlətlərindəki kimi Qurani əsaslara deyil, ənənəvi Yava hüquq nizamınının ağırlığını qoruduğu bir sistemə dayanırdı. Bununla bərabər bu sistemin İslami əsaslardan çox uzaq olduğu da söylənəməz. Sunan Giri kimi dini liderlər Madura və Molukkalar arasında böyük bir nüfuza sahibdilər.

Mataram hakimi Sultan Agung (1613–1646), 1628-ci ildə Sunan Girinin gücünü yoxlamaq üçün hərəkətə keçdi və onu məğlub edərək əsir aldı. Bundan sonra Sultan Agung dini liderlərə qarşı mübarizəsini davam etdirdi. Şimalda olan limanlardan Lasem (1616), Tuban (1618), Qresik (1622), Surabaya (1625) ilə Madura adasının (1627) Sultan Agung tərəfindən işğal və təxribi Yavanın xarici ticarətini və dəniz nəqliyyatına mənfi yöndə təsir etdi. Avropalı müstəmləkəçilərdən hollandlarla İngilis və danimarkalılar bu durumdan çox istifadə etdilər. Hollandlar 1619-cu ildə qədim Sunda Kalapa və ya Cakartanın olduğu yerdə Bataviayı qurarak Mataram hakiminin ərazisində ticari və idari bir mərkəz əldə etmiş oldular. Bu tarixdən sonra nə 1631-ci ildən bəri Yavanın qərbində müstəqil bir sultanlıq olan bentemlilər, nə də mataramlılar onları bu torpaqlardan çıxara bildilər. Bu arada hollandlar, ticari bir şirkət kimi görünən fəqət bir çox siyasi fəaliyətləri olan Birləşik Şərqi Hindistan Şirkətini (Vereenigde Oostindische Compagnie) fəaliyətə keçirdilər.

Sultan Agungdan sonra gələn oğlu Susuhunan I Amangkurat (1645–1677) atasının yolunu təqib edərək şimal sahili dövlətlərinin dini liderlərini qılıncdan keçirdi və beləcə Mataram Orta Yava sultanlığı, siyasi nüfuzunda boşluq doğurduğu iddiasıyla bu müsəlman dövlətlərə qarşı da tam bir düşmən kəsildiyini göstərmiş oldu. Mataram liderləri özlərinin Macapahit dövlətinin bir davamı olduqlarını söyləməyə başladılar. Ancaq bu dönəmdə də İslama qatılanlar çoxaldı və İslam mədəniyyəti Hind-Yava kültürü yanında təsirliyini qorudu. Yenə bu illərdə İslam düşüncə tarixi içində yerini alan vəhdət-i vücud axını da özünü göstərdi. Burada İslam aləminin digər bölgələrindəkilərdən fərqli bir şəkildə ortaya çıxan bu axımda Hind fəlsəfi görüşünün izlərinə rastlandı və nəticədə Yavadakı vəlilərdən biri olan Şeyx Siti Jenar qarışdırıcı və inanc pozucu fikirlərindən dolayı edam edildi; gerçək İslam əqidəsini öyrətmək üzərə də Orta Yava kəndlərinə irşad üçün din adamları göndərildi. Bu arada Mataram hakimləri tənkid edilməyə başlandılar; buna görə I Amangkurat atası Sultan Agung kimi Şərqi Yavadakı müsəlmanlara qarşı basqı və hətta tənkil hərəkətlərinə girişdi. Bunun nəticəsində Şərqi Yavada müsəlmanların haqlarını müdafiə üçün Madura şahzadəsi Trunajaya başçılığında üsyanlar meydana gəldi.

I Amangkuratın ölümü üzərinə yerinə keçən oğlu Susuhunan II Amangkurat (1677–1703) atası kimi hollandlarla iş birliyi quraraq getdikcə inkişaf edən müsəlman hərəkətini yatırma çaba-çalışmaları içinə girdi və onların yardımıylauğur qazandı. Bu yardıma qarşı olaraq hollandalara Pasisir limanlarının idarəsi buraxıldı və II Amangkurat müstəmləkəçi hollandlarla iş birliyi içində hökm sürməyə davam etdi.