Mariya Qaetana Aqnesi üç qadınla evlənmiş atası Pietronun 21 uşağının ən böyüyü idi. O, 16 may 1718-ci ildə Milanda anadan olub. Aqnesi bacı və qardaşlarına qulluq etmiş, həm də onların təhsilinə köməkçi olmuşdu. Atası Pietro zəngin idi və ipək ticarəti ilə məşğul olurdu. Buna görə də Mariya Qaetananın ən seçilmiş müəllmlər tərəfindən təhsil almasını təmin etmişdi.

Mariya Qaetana çox gənc yaşında üstün səviyyədə dil öyrənmə qabiliyyətini göstərir. Hələ 9 yaşındaykən qadınların yüksək təhsil almasını dəstəkləyən bir mühakiməni (diskurs) böyük uğurla latın dilinə tərcümə edə bilmişdi. Mariya Qaetana 13 yaşında yunan, ibri, fransız, ispan və alman dillərini mükəmməl şəkildə öyrənə bilmişdi.

Aqnesi 15 yaşında olanda atası dövrünün ən təhsilli insanlarını evlərinə çağıraraq müxtəlif mövzularda yığıncaqlar etməyə başlamışdı. Aqnesi bu məclisləri izləyirdi, çox danışan bir uşaq olmasa da, çətin fəlsəfi mövzuları şərh edirdi. Həmin məclisləri qeydə alan fransız yazıçı "İtaliya üzrə məktublar" adlı əsərində Aqnesini 20 yaşlarında nə çirkin, nə də gözəl, çox sadə və sevimli bir qız kimi təsvir etmişdir. Yazıçıya görə, Aqnesi Nyutonun əsərinə qarşı böyük bir maraq duyduğunu açıqlamışdı.

Sonralar Aqnesi atasını dəhşətə gətirən bir şey edir, o, monastıra getmək istədiyini bildirir. Atası onun bu istəyini rədd edir və evdə qalmasını istəyir. Nəticədə Aqnesi 3 şərtlə evdə qalmağı qəbul edir: istədiyi zaman kilsəyə gedə biləcəkdi, sadə və ciddi formada geyinəcəkdi, artıq ballara, teatrlara və digər əyləncələrə getməyəcəkdi.

Aqnesinin monastıra getmək istəyi qəbul olunmasa da, o 20 yaşından etibarən sanki monastırdaymış kimi yaşamağa başlayır. Özünü cəmiyyətdən təcrid edir, yalnız riyaziyyat və dini kitablarla zaman keçirməyə başlayır.

Riyaziyyatda uğurlu idi, çünki Roma və Boloqna universitetlərinin professoru və eyni zamanda keşiş olan Ramiro Rampinellidən bu sahədə kömək alırdı. Rampinelli Aqnesini differensial hesab üzrə kitab yazması üçün cəsarətləndirir. Aqnesi bu tövsiyədən həyəcanlanır və hazırlayacağı belə bir əsərdən gənclərin dərs kitabı kimi faydalana biləcəyini düşünür. Bununla yanaşı, ortaya çıxan əsər daha böyük bir təsir yaradır. Kitab 1748-ci ildə Molanoda nəşr edildi. Daha sonrakı illərdə fransız və ingilis dillərinə tərcümə edilərək Aqnesiyə şöhrət gətirdi.

1750-ci ildə XIV Papa Benedikt Aqnesinin kitabını araşdırır və onu yeni əsər yazmağa cəsarətləndirir. Yazacağı kitab İtaliya üçün etibarlı olmalı idi. Bir müddət sonra da Papa Aqnesini Boloqna Universitetinə fəxri oxucu olaraq təyin edir. Aqnesi bu təklifi nə qəbul, nə də rədd edir. Onun adı 45 il boyunca universitet işçilərinin siyahısında qaldı. Lakin Aqnesinin Boloqna Universitetinə, ümumiyyətlə Boloqnaya heç bir zaman getmədiyi zənn edilir.

Atası Pietronun 1752-ci ildə ölməsi ilə Aqnesinin əvvəlki həyat tərzi dəyişir və o, riyaziyyat çalışmalarını tərk edir. Aqnesi özünü xeyriyyə işlərinə həsr edir. Beləliklə, keçmiş istəyinə qovuşmuş olur. 9 yanvar 1799-cu ildə bir monastırda yoxsulluq içində dünyasını dəyişir.

Aqnesinin "İnstituzioni analitiche" ("Analitik institutlar") əsəri bəzi baxımlardan birinci hesab edilə bilər. Bu əsərin hər şeydən əvvəl həm differensial, həm də inteqral hesabları araşdıran ilk kitab olduğu düşünülür. Kitab riyaziyyatçı təhlil mövzusunda zamanındakı bilikləri, həm Aqnesinin sistemli analziləri, həm də bir çox riyaziyyatçının əsərlərindən nümunələrlə açıq şəkildə verilmişdir. Aqnesinin bu əsəri böyük şöhrət qazanır və 1778-ci ildə fransız, 1810-cu ildə isə ingilis dilinə tərcümə edilir.

Aqnesi kitabında "Witch of Agnesi" ("") kimi bilinən kubik əyrisi (cəbri əyri) mövzusundan da bəhs etmişdi. Kitabın ingilis dilinə tərcüməsində bir xəta nəticəsində bu əyri qəribə adla adlandırılmışdı, Aqnesidən əvvəl mövzu müzakirə edilməklə yanaşı, Aqnesinin adının bu günlərə qədər gəlməsinə təsir etmişdi.