Ölkələr arasındakı münasibətlər Malay sultanlıqları və Osmanlı İmperiyası dövründən bəri mövcuddur. 19-cu əsrdən bəri, ölkələr arasındakı münasibətlər ayrılmaz olaraq qaldı və İstanbula dəfələrlə səfər edən Sultan Əbu Bəkirın dövründə şəxsi əlaqələrin yaradılması ilə daha da möhkəmləndi. 1890-cı ildəki ziyarətlərindən birində qardaşı ilə birlikdə türk qadınları ilə evləndi. Bu evliliklər yalnız ikitərəfli münasibətlərin möhkəmlənməsinə deyil, eyni zamanda qarışıq nikahların ortaya çıxmasına səbəb oldu, bunun nəticəsində, məsələn, dünyaya gəldi. Müasir Türkiyə ilə Malayziya arasında əlaqələr 1964-cü ildə, demək olar ki, müasir Malayziya dövlətinin qurulmasından dərhal sonra quruldu. 2014-cü ildə Malayziya Baş naziri Najib Tun Razak ikitərəfli münasibətləri genişləndirmək və sərbəst ticarət müqaviləsi imzalamaq üçün Türkiyəyə səfər etdi. Nəticədə, strateji əməkdaşlıq və sərbəst ticarət haqqında müqavilələr imzalanmış deyil, viza şərtləri da ləğv edilmişdir. Hər iki ölkə ticarət və investisiya, xüsusilə İslam bankçılığı sahəsində əməkdaşlıqlarını gücləndirirlər. Türkiyə Malayziyanın Cənub-Şərqi Asiya dövlətləri arasında əsas ticarət tərəfdaşı olmasını gözləyir.

Türk müdafiə şirkəti, zirəhli maşın istehsalı üçün malayziyalı bir ortağı ilə təxminən 600 milyon dollar dəyərində bir neçə müqavilə imzaladı. Digər Türk firmaları da Malayziya hərbi sistemlərini modernləşdirmək üçün Malayziya tərəfdaşları ilə müqavilələr imzaladı.

12 may 2017-ci il tarixində Malayziya, Türk hökumətinin terrorçu olaraq təyin etdiyi bir təşkilat olan Gülən hərəkatında iştirak etdikləri şübhəsiylə Türkiyədəki üç şübhəlini deportasiya etdi. O vaxtdan bəri, Ərdoğan əleyhinə olan Stockholm Azadlıq Mərkəzi (SCF), Malayziya hökumətini, prezident Rəcəb Tayyib Ərdoğan administrasiyasının hökumət tənqidçilərinin zülmünü prezidentlərinin başlatdıqları repressiyadan qaçan Türk vətəndaşlarını qanunsuz olaraq köçürərək asanlaşdırmaqda günahlandırdı. hökumətlərinin istəyi ilə. Malayziya Baş nazirinin müavini Əhməd Zahid Həmidi, həbslərin Türkiyə hökumətinin əmrinə əsaslandığını inkar edərək, həbslərin Əks-Mesaj Mərkəzindən (CMC) ölkələri tərəfindən qanunsuz sayılan bir təşkilatda iştirakları ilə bağlı məlumat aldıqdan sonra edildiyini izah etdi.