Yaponiya ilə Macarıstan arasında diplomatik əlaqələr 1869-cu ildə Avstriya-Macarıstan impersiyası ilə bağlanmış "Dostluq və ticarət müqaviləsi" ilə qurulmuşdur. 1938-ci ildə Yaponiya ilə Macarıstan arasında mədəniyyət müqaviləsi imzalanmışdır. Bu, Yaponiyanın hansısa xarici ölkə ilə ilk belə mədəniyyət mübadiləsi olmuşdur.

İkinci dünya müharibəsindən sonra Soyuq müharibə səbəbilə iki ölkə arasındakı münasibətlər kəsilmişdir, lakin 1959-cu ilin avqustunda ölkələr arasındakı diplomatik əlaqələr bərpa olunmuşdur. 1960-cı ildə hər iki ölkədə qarşılıqlı nümayəndəliklər yaradılmışdır. 1964-cü ilin iyununda bu nümayəndəliklər səfirlik səviyəsinə yüksəldilmişdir. 1989-cu ildə Macarıstanda rejimin dəyişməsindən sonra Yaponiya hökuməti ölkədəki yeni iqtisadi islahatı dəstəkləməyə başlamışdır.

2019-cu ildə münasibətlərin qurulmasının 150 illiyi münasibətilə Yaponiya şahzadəsi Macarıstan, eləcə də, Avstriyaya rəsmi səfər etmişdir.

Macarıstan prezidentlərindən Arpad Gents 2000-ci ilin aprelində, 2009-cu ilin dekabrında, Yanoş Ader 2019-cu ilin oktyabrında Yaponiyaya səfər etmişdir. İmperator Akihito və İmperatriça Miçiko 2002-ci ilin iyulunda Macarıstanda olmuşdurlar.

1965-ci ildən etibarən Yaponiya hökuməti Macarıstan tələbələri üçün təqaüdlər elan edir. Hər il 50-ə yaxın macar tələbə Yaponiya hökumətinin dəstəyi ilə Yaponiyada təhsil alır. Macarıstan isə 1966-cı ildən sonra Yaponiya tələbələrini qəbul etməyə başlamışdır. 1991-ci ildə Budapeşt ofisi açılmışdır.

Yaponiya və Macarıstan milli futbol komandaları 1968-ci ildə keçirilmiş Yay Olimpiya Oyunlarının yarımfinalında qarşılaşmışdırlar. Oyun Macarıstanın 5:0 hesablı qələbəsi ilə başa çatmışdır.

Yaponiya Macarıstana əsasən elektrik avadanlıqları, avtomobil hissələri, güc generatorları, kameralar, yarımkeçiricilər ixrac edir. Macarıstan isə Yaponiyaya qarğıdalı, qaz qaraciyəri, akasiya balı, şərab kimi qida məhsulları, eləcə də, dərman məhsulları ixrac edir.

2019-cu ildə Yaponiyanın Macarıstandakı birbaşa kapital qoyuluşu 1,3 milyard avro olmuşdur. Macarıstanda fəaliyyət göstərməyə başlayan ilk Yaponiya şirkətlərindən biri olmuşdur. Son illərdə Macarıstanda 160-dan çox Yaponiya şirkəti 34 mindən çox şəxsi işlə təmin etmişdir. Macarıstan şirkətinin qlobal əməliyyatlarında əhəmiyyətli yerə malikdir.

2020-ci ilin sentyabrına olan məlumata əsasən Macarıstanda 1691 Yaponiya vətəndaşı, 2019-cu ilin dekabrına olan məlumata əsasən Yaponiyada 753 Macarıstan vətəndaşı yaşayır.