Ağqoyunlu ailəsində doğulan Məhəmməd Uzun Həsənin oğul nəvəsi, Yusif Mirzənin birinci oğlu idi. Məhəmmədin doğumu və həyatının ilk dövrü barədə olan məlumatlar çox azdır. Məlumdur ki, o, 1497-ci ildə qohumlarının və imperiyanın yuxarı təbəqəsinin bir hissəsi ilə birlikdə özünü sultan elan etmiş qohumu Gödək Əhmədə qarşı üsyan başlatmışdır. Gödək Əhməd İsfahan döyüşündə məğlub edildikdən sonra isə Məhəmməd müttəfiqi olan qardaşı Əlvənd Mirzə ilə imperiyanı bölüşdürmüşdür. Bu döyüşdə Məhəmmədin qalib gəlməsində Eybə Sultanın da onu dəstəkləməsi və Gödək Əhmədin ordusundakı əmirlərin ona xəyanəti mühüm rol oynamışdı. Məhəmməd Fars, Sistan, Yəzd və Kermanda hakimiyyəti öz əlinə alarkən, yerdə qalan ərazilər də Əlvəndə verilmişdir.

Lakin qardaşlar arasında da tezliklə münaqişə başlayır. 1498-ci ildə Məhəmməd Əlvəndə qarşı müharibəyə başlayır. Lakin məğlub olduğuna görə İsfahana qaçmağa məcbur edilir. 1499-cu ildə isə Məhəmməd Kermanda məskunlaşır. Lakin burada da qısa müddət sonra bir başqa qohumu Murad ibn Yaqub ilə münaqişəyə daxil olur. 1500-cü ildə o, Murad tərəfindən məğlub edilir və ölür.

• Khvandamir, غیاث الدین خواندمیر, , 1380
• Anonim, , مدیر مرکز مرکز تحقیقات فارسی ایران و پاکستان, 1364
• Həsən bəy Rumlu. . Kastamonu: Uzanlar. Namiq Musalı, Oqtay Əfəndiyev. 2017. 661.