Muhəmməd ibn Hənəfiyyənin özü, onun imam Zeynülabidinin imamlığı barəsindəki əqidəsi, Keysaniyyənin onun haqqındakı nəzərləri haqda müxtəlif nəzərlər irəli sürülmüşdür. Əllamə Hilli Seyid Mühənna`nın "Sizin Muhəmməd ibn Hənəfiyyə barəsindəki əqidəniz nədir?" sualına cavabında belə yazıb:

"Muhəmməd ibn Hənəfiyyə, Abdullah ibn Cəfər və onlar kimilərin məqamları o qədər böyükdür və ucadır ki, onların həqiqətə zidd əqidəyə malik olmaları və imandan çıxmaları mümkün deyil".

İmam Həsəndən nəql edirlər ki, o həzrət Muhəmməd ibn Hənəfiyyəyə belə buyurub:

"Allah şeytanı sənə hakim etməyib və sənin üçün həsəddən qorxmuram".

Onun mənşəyinin bir neçə versiyası var:

• Peyğəmbərin vəfatından sonra bir neçə yalançı peyğəmbərlər peyda olur, onların ən nüfuzlularından biri Bəni Hənifə qəbiləsindən olan Müseylimə olur. Məhəmmədin atası Əli onlarla müharibəyə başlayır. Onlar indiki Səudiyyə Ərəbistanının cənubunda yaşayırdılar. Əkrəbə yaxınlığında Bəni Hənifə tayfası ilə döyüşdən sonra Əli bu qəbilədən bir cariyə alır, onun adı Xavlya olmuşdur. Bu cariyədən bir oğul dünyaya gəlir. Bu, qadın Bəni Hənifə tayfanın nə şeyxlərinin qızı, nə də kraliçası deyildi, sadəcə olaraq bu qəbilədən idi.
• Əli hərbi yürüşlərin birində Rum (Roma ilə qarışdırılmasın) adlı şəhəri idarə edən Hənəfi kraliçasını məğlub edir. Bu şəhər müasir İran və İraq ərazisində yerləşən dövlətin paytaxtı idi. Kraliça Əlinin qarşısında şərt qoyur: “Əgər mənimlə döyüşdə qalib gəlsən, səninlə evlənəcəyəm və ümmətimlə birlikdə sənin dinini qəbul edəcəm. İlk oğlumun adını isə Məhəmməd Hənəfiyyə qoyacağam”. Əli qalib gəlir və onunla evlənir, sonradan bu evlilikdən olan oğluna babasının və anasının adını qoyur.
• Əlinin ikinci həyat yoldaşı peyğəmbərin övladlığa götürdüyü Anifə (Hənəfiyyə) adlı qız idi və nəvəsi babasının və onun adını daşıyır.
• Bir ərəb variantına görə Həsənin nəvəsidir. Anası fars olmuşdur. Onun adının Hənəfiyyə olduğu və buna görə də adının Məhəmməd Hənəfiyyə olduğu versiyaları var

Bəziləri onu qanuni xəlifə hesab edirdilər, lakin Məhəmməd fitnədən qaçmağa meylli olur. Onu xəlifə etmək istəyən müxtəlif qrupların dəstəyinə baxmayaraq, çox ehtiyatlı davranır. O, nəhayət Əməvi xəlifəsi Əbdül Malik ibn Mərvana beyət edir. Bundan sonra illik böyük təqaüd alır.

İslamın Mərkəzi Asiyada fəal yayılmasında böyük rol olanlardan biri Məhəmməd ibn Əlinin nəslindən olanlardır: Əbd ər-Rəhim Bab (Qaraxan ata), İshaq Bab və Əbdül-Cəlil Bab (Xorasan Saman şah). İshaq Babadan: Axxoca, Akkorqanxoca, Baksayıs Xoca, Diuana Xoca; Abd Ar Rahim Babadan: Qaraxan Xoca, Auliyə ata Xoca; Əbd Cəlil Babadan: Xorasan Xoca, Qılış Xoca.

Bu missionerlərin nəsilləri Koca boyuna aid olmaqla, əsasən Orta Asiyada yaşayırlar.