Seyyid Hüseynin oğlu Ayətullah Seyyid Məhəmməd Nəcəfi Badkubeyi də din alimi idi. O, ibtidai təhsilini atasından və digər alimlərdən almışdı. Seyyid Məhəmməd 30 yaşında ikən əmisi (Seyyid Hüseyn Badkubeyinin qardaşı) ailəsi ilə birlikdə Bakıdan Nəcəfə, qardaşı ilə görüşməyə gəlir. O özü ilə iki qızını da gətirmişdi. Qızlardan birini Seyyid Məhəmmədə, o birini isə qardaşı Seyyid Həsənə nişanlayırlar. Əmisi öz arvadını və iki qızını Nəcəfdə qoyub Bakıya qayıdır. Seyyid Məhəmməd əmisi qızı ilə evlənir, qardaşı isə o biri bacı ilə ailə qurmağa razı olmur. Seyyid Məhəmmədin əmisi qızı ilə izdivacından bir neçə övladı doğulur, amma hamısı kiçik yaşında ikən tələf olur. Axırda uşaqların anası da xəstələnib dünyasını dəyişir. Seyyid Məhəmmədin əmisi xəbər göndərib xahiş edir ki, arvadını və sağ qalan qızını Bakıya göndərsinlər. Seyyid Məhəmməd əmisinin həyat yoldaşı və qızı ilə Nəcəfi tərk edib, İranla Azərbaycanın sərhəddinə gəlir. Xəzər dənizinin cənubundakı Ənzəli limanına çatanda xəbər tuturlar ki, Azərbaycan hökuməti İranla sərhədləri bağlayıb. Seyyid Məhəmməd qadınlarla birlikdə Ənzəlidə gözləməyə məcbur olur. Bir müddətdən sonra əmisinin o biri qızı ilə evlənir, əmisi arvadı üçün pasport düzəldib, onu Azərbaycana yola salır. Özü isə həyat yoldaşı ilə Ənzəlidə qalır, o vaxtdan ömrünün sonuna kimi bu şəhərdə yaşayır.

Seyyid Məhəmmədin elmi səviyyəsini müasirləri yüksək dəyərləndirirdilər. Hətta Ayətullahül-üzma Milani deyirmiş ki, əgər Seyyid Məhəmməd Qum şəhərinə gəlsəydi, şübhəsiz, mərceyi-təqlidlərdən biri olardı. Seyyid Məhəmmədin bəzi kəramətləri bu gün də Ənzəli əhalisinin xatirəsində yaşayır. Aşura günündə havanın isti ya soyuq olmasına baxmayaraq, ayaqyalın halda təziyə yürüşünə qoşulardı. Bu üzdən ona “ayaqyalın ağa” deyirmişlər.

Seyyid Məhəmməd Nəcəfi Badkubeyi 1979-cu ilin oktyabrında 82 yaşında vəfat etmiş və Ənzəli şəhərində dəfn olunmuşdur.