Müzəffər Alanquş 1898-ci ildə Ərzurumda anadan olub. 1914-cü ildə Kuleli Hərbi Liseyində oxuyarkən orduya girdi. 1915-ci ildə leytenant rütbəsi aldı. Müxtəlif bölmələrdə Komanda Komandiri və Bölmə Komandiri vəzifələrində çalışıb. 7-ci Diviziya Əməliyyatlara əlavə edilərkən əsir götürüldü. 1 oktyabr 1918–30 dekabr 1920-ci illər arasında Misirdə əsirlikdə qaldı. 28 aprel 1921-ci ildə Anadoluya getdi və Milli Orduya qoşuldu. Müxtəlif hissələrdə xidmət etdikdən sonra 1925–1926-cı illərdə Hərbi Akademiyada kapitan rütbəsi ilə təhsilini başa vurdu. 1926-cı ildə Hərbi Akademiyanı bitirib, 1929-cu ildə heyət üzvü oldu.

1945-ci ilə qədər müxtəlif hissələrdə və qərargahlarda xidmət etdi. 1945-ci ildə Briqada generalı, 1947-ci ildə general-mayor rütbəsi aldı.

11 oktyabr 1947-ci ildə, 4-cü Diviziya komandirinin müavini olduğu zaman təqaüdə çıxdı. 17 iyun 1948-ci ildə yenidən bu vəzifəyə qatıldı.

1956-cı ildə general-leytenant, 1959-cu ildə isə tam general rütbəsi almışdır. Tuğgeneral rütbəsi ilə 4-cü Diviziya Komandirinin müavini, General-mayor rütbəsi ilə Piyada Məktəbi Komandanlığı, 1-ci Yerli Regional Komandanlıq, 3-cü Yerli Regional Komandanlıq, Quru Qoşunları Baş qərargah Başçısının müavini, 6-cı Diviziya Komandanlığı və 2-ci Korpus Komandir müavini, 2-ci General-leytenant, Baş Qərargah Baş qərargah rəisi, Quru Qoşunları Baş Qərargah rəisi, 1-ci Ordu və Hərbi Vəziyyət Komandanlığında xidmət etdi.

Tam bir general olaraq bu vəzifədə olarkən 5 avqust 1960-cı ildə Quru Qoşunları Komandanlığına təyin edildi. 6 yanvar 1961-ci ildə, 28 iyun 1961-ci ildə Milli Müdafiə naziri vəzifəsindən istefa etdi.

Üç uşaq sahibi olan General Alanquş, Birinci Dünya müharibəsinə və Türkiyə İstiqlaliyyət müharibəsinə qatıldı. 17 dekabr 1972-ci ildə öldü və İstanbul Zincirlikuyu Qəbiristanlığında dəfn edildi.

Dörd ulduzlu general Müzəffər Alanquş 1914-cü ildən 1961-ci ilə qədər olan xidmətində "Osmaniyə" və "Məcidiyə" nişanları, "Hərb", "İmtiyaz" və "İstiqlaliyyət" medalları ilə təltif edildi.