Mürşüd Xanvəli oğlu Ənnağıyev 15 may 1934-ci ildə Ermənistan SSR-in rayonunun Ağudi kəndində anadan olmuşdur.

1943-1953-cü illərdə Ağdü kənd orta məktəbində orta təhsil aldıqdan sonra, 1954-cü ildə Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin (ADPU) fizika-riyaziyyat fakültəsinin fizika şöbəsinə daxil olmuşdur. 1959-cu ildə ADPU-nu bitirdikdən sonra, Azərbaycan Elmlər Akademiyası (EA) Neft-Kimya Prosesləri İnstitutunda (NKPİ) işə qəbul olunmuş və orada kiçik elmi işçi vəzifəsində işləmişdir.

1964-cü ildə Azərbaycan EA Qeyri-üzvi və Fiziki Kimya İnstitutunun aspiranturasına qəbul olmuş və oranı 1967-ci ildə bitirdikdən sonra "Alüminium-xrom-molibden oksid katalizatorlarının səthi qüvvələrinin spektrofotometrik üsulla tədqiqi" mövzusunda namizədlik, 1992-ci ildə isə "Təbii seolitlərin və onların modifikasiya olunmuş formalarının qurutma və karbohidrogenlərdən olefinlərin alınması proseslərində adsorbsiya və katalitik xassələri" mövzusunda dissertasiya işini müdafiə edərək "fiziki kimya" ixtisası üzrə kimya elmləri doktoru dərəcəsini almışdır.

Mürşüd Ənnağıyev 1967-78-ci illərdə Azərbaycan EA QÜFKİ-də kiçik və böyük elmi işçi vəzifələrində, 1978-85-ci illər "Adsorbsiya", 1985-ci ildən isə "Təbii ssolitlər" laboratoriyasının müdiridir. Onun əsas tədqiqat obyekti respublikamızda zəngin yataqları olan alümosilikatlardan adsorbent kimi istifadə edərək maye karbohidrogenləri, sənaye qazlarını qurutmaq və başqa qarışıqlardan təmizləməkdən ibarətdir. Həmin adsorbentlərin adsorbsiya və digər fiziki-kimyəvi xassələri tədqiq edilmişdir. Onun rəhbərliyi altında aqressiv qazları qurutmaq üçün sənaye miqyasında qurğu tikilmiş və sınaqdan keçirilərək istifadəyə verilmişdir.

Mürşüd Ənnağıyev effektiv adsorbentlərini təbii alyumasilikatların əsasında sanaye qazların və maye karbonhidrogenləri qarışıqdan təmizləmək üçün alınma üsulu kəşf edib. O, təbiəti idarəetmə qüvvə və aktiv və adsorbsiya sentrinin miqdarı sorbentlərin üzərində bəzi faktlatından asılı olaraq onları xalq təsərüfatında istifadə məqsədi ilə kəşf edib. Adsorbentlər təbii seolitlər əsasında sənaye qazların sənayədə qurutma prosesində istifadə olunur.

M.Ənnağıyevin apardığı elmi-tədqiqat işlərinin nəticələri 3 monoqrafiyada, 180 elmi əsərdə, o cümlədən 11 müəlliflik şəhadətnaməsində öz əksini tapmışdır. Onun rəhbərliyi ilə 6 elmlər namizədi hazırlanmışdır. O, 42-yə qədər məruzələrlə beynəlxalq konfrans və simpoziumlarda (Rusiya, Bolqarıstan, Almaniya) çıxış etmişdir.

12 dekabr 2010-cu ildə vəfat edib.