Kilsə XIII əsrdə Qotland adasından Estoniya ərazisinə gələn Vestfaliya tacirləri tərəfindən 1230–1275-ci illər arasında əsası qoyulmuşdur. O zamanlar şəhər divarları hələ möhkəmləndirilməmişdir və buna görə də kilsə qapılarının möhkəm bağlanması üçün ağır barlar ucaldılmış, lazeyq və qaçqınlar üçün sığınacaq yerləri hazırlanmışdır. Tallin ətrafındakı istehkamların XIV əsrdə tamamlanması nəticəsində (1310-cu ildə şəhər divarlarıdan kilsəyə yol açılaraq, onun ətrafındakı izdihamlı hərəkət nizama salındı), müqəddəs Nikolay kilsəsi özünün müdafiə funksiyasını itirmiş və tipik orta əsr məhəllə kilsəsinə çevrilmişdir. Hazırda əvvəlki, orijinal kilsənin yalnız bir neçə hissəsi qorunub saxlanılmışdı. 1405–1420-ci illərdə kilsə mövcud görünüşünü əldə etmiş və onun mərkəzi hissəsi künc neflərə nisbətən daha hündür inşa edilmişdir; ümumilikdə kilsə tamhüquqlu bazilika kimi yenidənqurma işlərinə məruz qalmışdır. 1515-ci ildə kilsəyə qotik üslublu şpil ilə bəzədilmiş hündür qüllə əlavə olunur. XVII əsrin sonunda qüllə təmir edilmişdir; onun divarları möhkəmlənmiş və təhlükəsizliyi tam olaraq təmin edilmişdir. Köhnə şpil barokko üslublu yenisi ilə əvəz edilmiş və geniş açıq qalereyalar bir neçə əsr ərzində addım-addım yuxarıda qaldırılmışdır. Qüllənin hazırkı hündürlüyü 105 metrə bərabərdir.

"Niquliste" Tallində yeganə kilsə idi ki, katoliklərə başladılan ağır Reformasiya günlərində, məbədin protestantlar tərəfindən daxili interyerlərin talan olunmasının qarşısı alınmışdır. 14 sentyabr 1524-cü ildə aqressiv yerli sakin izdihamı Müqəddəs Olav, Pühavaimu və Müqəddəs Yekaterina kilsələrini taladıqdan sonra Niqulisteyə yaxınlaşdılar. Əvəzsiz xəzinələrin itirilməsindən qorxan rahiblər kilsənin qıfıllarına ərimiş qurğuşun tökərək onu bərk bağlayırlar. Bir müddət sonra insanlar öz sakit həyatlarına qayıtdılar və müqəddəs Niquliste lüteran kilsəsinə çevrildi, onun daxili zəngin bəzək elementləri isə qorunub saxlanıldı.

9 mart 1944-cü ildə İkinci dünya müharibəsi zamanı Tallinin Sovet bombardmanı nəticəsində kilsə ciddi dağıntıya məruz qalmışdır. Baş vermiş yanğın kilsəni xarrabalığa çevirmişdir və onun interyerlərin bir çoxu (müqəddəss Antoni kapellası istisna olmaqla) — barokko üslublu skamyalar, kafedra və çardaq məhv olmuşdur. Qüllədən təxminən bir ay tüstü axını yayılırdı. Ən qiymətli sənət xəzinələri kilsənin vaxtında evakuasiyası nəticəsində xilas edilmişdir. Kilsənin bərpa və təmir işləri 1953-cü ildə başlamış və tam olaraq 1981-ci ildə başa çatdırılmışdır.

Kilsə qülləsinə yenidən 12 oktyabr 1982-ci ildə baş vermiş yanğın nəticəsində zərər dəymişdir. O zaman qüllə və şpil yandırılmış, Antoni kapellası və nef damına ziyan dəymişdir. Konservator-bərpaçı Villem Raamın rəhbərliyi altında həyata keçirilən sanasiya və restavrasiya işlərindən sonra, kilsə Estoniya İncəsənət Muzeyinin Orta əsr bədii toplusunun nümayiş yeri olaraq fəaliyyət göstərməyə başladı, 1984-cü ildə isə burada konsert zalı açıldı. Mükəmməl akustikaya görə, kilsə çox məşhur konsert zalı hesab edilir.

Muzeydə saxlanan əsərlər arasında ən məşhuru, Lübek sənətkarı Bernt Notkenin "Ölümlə rəqqs" əsəridir ki, bu əsərdə rəssam həyatın faniliyini təsvir etmişdir, skelet fiqurların iştirakı ilə qurulmuş bu səhnə orta əsrlər incəsənətinin məşhur mövzularından biri idi. Yalnız (XV əsrin sonunda hazırlanmış) orijinal 30 metr genişliyindəki rəsm əsərinin ilkin parçası hal-hazırda müqəddəs Nikolay kilsəsində mühafizə edilib saxlanılır və ziyarətçilərə nümayiş olunur.

Muzeyin kolleksiyasında son qotika və erkən intibah dövrünə aid bir sıra görkmli sənət əsərləri var. Müqəddəs Nikolay kilsəsinin keçmiş Ali altarı 1478–1481-ci illər arasında Lübekli ustad rəssam Hermen Rodenin emalatxanasında hazırlanmışdır. Həmin bu altarı, onun cütqanadlı xarici flanqlarında yerləşən şəkillərdə müqəddəs Nikolayın həyatı təsvir olunur, mərkəzi və açılan qanad hissələrində isə "Müqəddəslər qalereyası" adlanan və 30-dan artıq taxtadan hazırlanmış heykəllər bəzəyir. Kilsədə müqəddəs Lüsi əfsanəsinin Ustadı tərəfindən 1500-cü ildə hazırlanmış Məryəm ana altarı, Brüsseldə yerləşən emalatxanasında 1490-cı ildə hazırlanmış müqəddəs Kin altarı və ya qüdrətli Qarabaşlılar qardaşlığının sifarişi ilə Brüggeli master Adrian İsenbrandtın XVI əsrin əvvəlində hazırladığı Məsihin sevdası adlı eyni dövrə aid daha neçə altarın adını qeyd etmək olar. Kilsənin interyerini həmçinin Lixtenşteyn qəsr ustasının "Məsihin məbəddə peyda olunması" əsəri (1430–1440) və Henninq fon der Haydenin bir neçə taxta üzərində oyma nümunələri (müqəddəs Nikolay, Məryəm və İohann Yevangelistin təsvirləri) bəzəyir.

Digər sənət əsərləinə nümunə olaraq Tobias Heintzenin "Müqəddəs Kristofer" heykəli, Bogislav Rosen şapelinin 350 yaşlı(1624), Frans Hoppenstett tərəfindən toxunmuş dekorativ pərdəsi, Arent Passer tərəfindən yazılmış Antoni van der Buşun qəbirüstü kitabəsini göstərmək olar.

Nefin ətrafında XVII əsrin Berndt Reinhold von Delvig və Hermann Nierot kimi ən yaxşı tam silahli fiqurları dayanır. Muzeydə həmçinin, xüsusi gümüş otaq vardır ki, bu otaqda sənətkar gildiyaları, kəndlilər və məxsus gümüş əşyalar saxlanılır

Kilsənin yanındakı kapella binası Narva döyüşündə İsveç Kralı XII Karl tərəfindən əsir düşən Rusiya ordusunun komandiri Hersoq Şarl Ejen de Kroyun (fr. Charles Eugène de Croy/Croÿ) üçün istifadə edilmişdir. Şarl Ejen 1702-ci ildə vəfat edir və heç kimin torpağa basdırma mərasimi üçün ödəmək istəməməsi səbəbiylə, onun cənazəsi basdırılmamış qalır. Kapellada olan unikal mikroiqlim şəraiti cəsədin cürümə prosesini dayandırır və o mumifikasiya olunur. Şarl Ejenin cəsədi 1897-ci ilə qədər kapellada qaldıqdan sonra, hakimiyyət nəhayət onun basdırılması qərarını verir.

• 2012-09-18 at the Wayback Machine
• 2007-09-27 at the Wayback Machine
• Hille Tänavsuu: Tallinna Postimees, 14. november 2008