XIX əsrin sonları Naxçıvan-na-Donuda qızlar gimnaziyası yaradılmışdı. Gimnaziya şəhərin əsasını qoyan imperatriça II Yekatrinanın şərəfinəadlandırılmışdır. Gimnaziya üçün bina Nikolay Nikitiç Durbaxın layihəsi əsasında 1892-ci ildə inşa edilmişdir. İlk əvvəllr binanın iki mərtəbəsi mövcud idi.

Yekatrina qızlar gimnaziyası şəhərin ən elit təhsil ocağı sayılırdı. Burada din, fransız dili, rus dili, coğrafiya, tarix, tikiş, rəssamlıq öyrədilirdi. İlk əvvəllər gimnaziyada təhsil 8 il olmuşdur. Donradan 1910-cu ildə yəhsil müddəti 9 ilə çatdırılmışdır.

1921-ci ildə gimnaziyanın binasında sovet tarixində ilk dəfə S. D. Markov adına birinci əmək məkyəbi açılmışdır. 1930-cu ildə bina Karl Marksın adına sdlandırılmağa başlanılır. 1943–1944 illərdə binada hospital yerləşdirilmişdi. 1947-ci ilə qədər binada hərbi müəssisə yerləşirdi. Sonradan bina təmir edilmişdi. 1952-ci ildə isə binada № 13 məktəbi açılmışdır.

Liseyin binası üç mərtəbədən ibarətdir. Fasadı qara suvaqla üzlənmişdir. Arxa tərəfi qəliz konfiqurasiyaya malikdir. Daxilində pilləkən mövcuddur. Akt zalı binanın ikinci mərtəbəsində yerləşir.

1902—03-ci illərdə binada Maretta Serqeevna Şaqinyan oxumuşdur. 1986-cı ildə binanın fasadına memorial lövhə vurulmuşdur: "1902–1903-cü illərdə bu binada yazıçı, Sosialist Əməyi qəhrəmanı, Lenin adına mükafat laureatı, Dövlət mükafatçısı (1888–1982) Maretta Serqeevna Şaqinyan təhsil almışdır".

1904-cü ildə gimnaziyanı rus və sovet pdixoabalitiki və pedaqoqu Sabina Nikolayevna Şpilreyn əlaq qiymətlərlə bitirmişdir.