Müasir incəsənət muzeyinin yaradılması ideyası XXI əsrin əvvəllərində Krakov bədii cəmiyyətində geniş müzakirə olunmuşdur. 2005-ci ildə Krakov şəhər şurası Krakov şəhərində iflasa uğrayan "Unitra-Telpod" adlı elektrik istehsalı fabrikini satın alaraq öz mülkiyyətinə çevirdi. İkinci Dünya müharibəsi zamanı "Emailwarenfabrik (DEF)" adlanan bu müəssisə əvvəllər "Şindler fabriki" kimi də tanınırdı.

2005-ci ildə Krakov şəhərinin meri Yasek Mayxrovski Polşa Mədəniyyət Nazirliyinin yeni muzeyinin layihələşdirilməsinin maliyyələşdirilməsi barədə ərizə verdi. 2007-ci ildə fabrikin ərazisi iki hissəyə bölündü. Bu ərazinin bir hissəsi Krakov tarix muzeyinin sərəncamına verildi və burada "Krakov 1939-1945-ci illərdə işğal dövründə" adlı daimi sərgi təşkil olundu. Fabrikin ərazisinin ikinci hissəsi isə gələcək müasir incəsənət muzeyi üçün ayrıldı. 2007-ci ildə yeni muzey binasının tikintisi üçün müsabiqə keçirildi.

Muzeyin tikintisinə 2009-cu ilin dekabr ayında başlanıldı və tikinti işləri 2010-cu ilin noyabr ayında başa çatdırıldı. 19 may 2011-ci ildə Krakov Müasir İncəsənət Muzeyinin açılışı oldu. Elə həmin gün muzeydə "İncəsənətdə tarix", "Bibliofiliya", "Krakov Müasir İncəsənət Muzeyinin kolleksiyası", "Vordemberge-Gildewart fondunun mükafatçı laureatları", "Maurisiya Qomulitskinin yaradıcılığı", "Madelayn Santenin fotoqrafiyası", Meçislav Poremskinin kitabxanası" adlı daimi sərgilər nümayiş etdirildi.