Konformasiya dəyişikliyi

Konformasiya dəyişikliyi — Biokimyada, uyğunlaşma dəyişikliyi, tez-tez ətraf mühit amillərindən qaynaqlanan bir makromolekul formasındakı dəyişiklikdir.

Formal dəyişikliklər bir protein kompleksinin hərəkətini ortaya çıxara bilər. Bir mikrotubulda gəzən kinesin, nano ölçəklərdə zülal sahəsinin dinamikasını istifadə edən molekulyar bioloji bir maşındır.

Makromolekul ümumiyyətlə çevik və dinamikdir. Ətrafdakı dəyişikliklərə və ya digər amillərə görə forması dəyişə bilər. Mümkün olan hər bir forma konformasiya, aralarındakı keçişə isə konformasion dəyişiklik deyilir. Bu cür dəyişikliklərə səbəb ola biləcək amillər arasında temperatur, pH, gərginlik, xromofor işığı, ion konsentrasiyası, fosforilasiya ola bilər .

Laboratoriya təhlili

Kristalloqrafiya, spin etiketləmə texnikasından istifadə edərək elektron paramaqnit rezonansı (EPR), dairəvi dikroizm , hidrogen mübadiləsi kimi bir çox biofiziki üsullar makromolekulyar konformasiya dəyişikliklərini öyrənmək üçün istifadə edilə bilər. İkili Qütblü İnterferometriya, biomolekullardə konformativ dəyişikliklər haqqında məlumat verməyə qadir olan bir üsuldur .

Bu yaxınlarda zülalların uyğunlaşma dəyişikliklərini öyrənmək üçün ikinci harmonik nəsil adlanan xüsusi bir xətti olmayan optik texnika tətbiq edilmişdir. Bu üsulda, mutagenez və ya qeyri -spesifik bağlanma səbəbiylə bir zülalda hərəkət edən bir yerə ikinci harmonikdə aktiv bir zond yerləşdirilir və zülal adsorbe edilir və ya xüsusi olaraq səthdə immobilizasiya edilir. Zülal konformasiyasındakı dəyişiklik, boyanın səth müstəvisinə nisbətən ümumi oriyentasiyasında və buna görə də ikinci harmonik şüanın intensivliyində bir dəyişikliyə səbəb olur. Düzgün təyin edilmiş bir zülal nümunəsində, ölçülə bilər.

Başqa bir üsul, zülalların qısa DNT molekullarının üstünə yerləşdirildiyi və sonra alternativ elektrik potensialları tətbiq edərək tampon məhlulundan çəkildiyi elektro-keçidli biosürətlərin istifadəsidir. Sonda hidrodinamik sürtünmədən asılı olan sürətlərini ölçməklə uyğunlaşma dəyişiklikləri göstərilə bilər</ref>.

Hesablama təhlili

Hesablama təhlili kristalloqrafiya atom səviyyəsindəki uyğunlaşma dəyişiklikləri haqqında məlumat verə bilər, lakin bu cür təcrübələrin dəyəri və mürəkkəbliyi hesablama metodlarını cəlbedici bir alternativ halına gətirir.

Nümunələr

Konformasiya dəyişiklikləri aşağıdakılar üçün vacibdir:

  • ABC daşıyıcıları
  • kataliz
  • hüceyrə hərəkətliliyi və motor zülalları
  • protein komplekslərinin əmələ gəlməsi
  • ion kanalları
  • mexanoreseptorlar və mexanotransduksiya
  • tənzimləmə fəaliyyəti
  • metabolitlərin hüceyrə membranlarından nəqli

İstinadlar

  1. Bu Z, Callaway DJ. Proteins move! Protein dynamics and long-range allostery in cell signaling. Advances in Protein Chemistry and Structural Biology. 83. 2011. 163–221. doi:. ISBN 9780123812629. PMID .
  2. Fraser JS, Clarkson MW, Degnan SC, Erion R, Kern D, Alber T. . Nature. 462 (7273). December 2009: 669–73. Bibcode:. doi:. PMC . PMID .
  3. Freeman NJ, Peel LL, Swann MJ, Cross GH, Reeves A, Brand S, Lu JR. . Journal of Physics: Condensed Matter. 16 (26). 2004-06-19: S2493–S2496. doi:. ISSN . 2021-08-31 tarixində . İstifadə tarixi: 2021-09-23.
  4. Salafsky JS, Cohen B. "A second-harmonic-active unnatural amino acid as a structural probe of biomolecules on surfaces". The Journal of Physical Chemistry. B. 112 (47). November 2008: 15103–7. doi:. PMID .
  5. Kim Y, Bigelow L, Borovilos M, Dementieva I, Duggan E, Eschenfeldt W, və b. . Advances in Protein Chemistry and Structural Biology. 75. 2008-01-01: 85–105. doi:. PMC . PMID .
  6. Tang QY, Kaneko K. . PLoS Computational Biology. 16 (2). February 2020: e1007670. doi:. PMC  (). PMID  ().
  7. Bakan A, Meireles LM, Bahar I. . Bioinformatics. 27 (11). June 2011: 1575–7. doi:. PMC . PMID .
  8. Zheng W, Doniach S. . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 100 (23). November 2003: 13253–8. doi:. PMC . PMID .
  9. Ponte-Sucre A, redaktor ABC Transporters in Microorganisms. Caister Academic. 2009. ISBN 978-1-904455-49-3.
  10. Kamerlin SC, Warshel A. . Proteins. 78 (6). May 2010: 1339–75. doi:. PMC . PMID .
  11. Howard J. Mechanics of motor proteins and the cytoskeleton (1st). Sunderland,MA: Sinauer Associates. 2001. ISBN 9780878933334.
  12. Callaway DJ, Matsui T, Weiss T, Stingaciu LR, Stanley CB, Heller WT, Bu Z. . Journal of Molecular Biology. 429 (7). April 2017: 987–998. doi:. PMC . PMID .
  13. . (3rd). Sunderland, Mass: Sinauer Associates, Inc. 2001 [1984]. . ISBN 978-0-87893-321-1.
  14. Nicholl ID, Matsui T, Weiss TM, Stanley CB, Heller WT, Martel A, və b. . Biophysical Journal. 115 (4). August 2018: 642–654. doi:. :. PMC . PMID .
  15. Donald V. Biochemistry. Voet, Judith G. (4th). Hoboken, NJ: John Wiley & Sons. 2011. ISBN 9780470570951. OCLC .
  16. 2009-01-25 at the Wayback Machine, Cell Membranes
  17. Singleton P. (5th). New York: Wiley. 1999. ISBN 978-0-471-98880-9.
Mənbə — ""

Informasiya Melumat Axtar

Anarim.Az

Sayt Rehberliyi ile Elaqe

Saytdan Istifade Qaydalari

Anarim.Az 2004-2023