Rahiblərin daşdan inşa edilmiş tikililərə köçməsindən sonra, boş qalmış mağaralar onları dəfn etmək üçün istifadə edilmişdir. Bunun üçün divarda yarım metr enində oyuq açılırdı və cəsəd oraya qoyulur, sonra isə taxta ilə örtülürdü. Bu lavrada Afonda olduğu kimi, cənazələr bir neçə ildən sonra açılır, sümüklər xüsusi məkana toplanırdı. Çürüməmiş cəsədlər isə yenidən yerlərinə qaytarılırdılar. Məzarların üstündəki kiçik taxta lövhədə rahiblərin adları və fəaliyyətləri haqqında qısa məlumat həkk edilirdi.

XI əsrin əvvəllərində Kiyev-Peçersk lavrasının iki əsas şəxsi olan Antoni və Feodosi müqəddəs elan olunmuşdur. Bundan sonrakı tarixdə pravoslavlar üçün onun əhəmiyyəti yüksəlmişdir. XI-XII əsrlərdə onun rahibləri arasından 20-yə yaxın yepiskop çıxmışdır və onların hamısı monastıra diqqət və qayğı ilə yanaşmışlar.

Lavranın ən mühüm dövrü 1643-cü ildə Kiyev mitropoliti Pyotrun orada rahib həyatı sürən 69 nəfəri müqəddəs statusuna yüksəltməsi ilə bağlıdır. Bu hadisədən sonra Kiyev-Peçersk lavrası ruslar üçün ən əsas ziyarətgaha çevrilmişdir. Məhz, həmin tarixdən etibarən məbəd indiki əhəmiyyətli mövqeyə çatmışdır. Lavra təkcə sıravi dindarlar tərəfindən deyil, həm də hakim dairələr tərəfindən də himayə edilmişdir. Onun mülkiyyətində iki şəhər, 60-a yaxın kənd, xeyli təhkimli kəndli, nəhəng torpaq sahələri, meşələr, dəyirmanlar, meşələr və başqa daşınmaz əmlak olmuşdur. Onun tərkibində şikəstlər və qocalar üçün nəzərdə tutulmuş evlər var idi.

Lavranın tarixinin xeyli hissəsi müharibələr, basqınlar, talançılıq kimi hallarla bağlı olmuşdur. O, hələ ilk dövrlərində bir sıra köçəri tayfaların hücumuna məruz qalmışdır. Daha sonralar isə xeyli sayda müharibələrdən əziyyət çəkmişdir. Ən əsas dağıntılar XIII əsrdə monqol hücumu zamanı yaranmışdır. Rahiblərin demək olar ki, hamısı bu dövrdə monastırı tərk etmiş, nəticədə o, uzun müddət tamamilə boş qalmışdır. XVI əsrdə Polşanın işğalına məruz qalan məbədi katolisizmin tərəfdarları ələ keçirərək, uniat kilsəsinə tabe etməyə çalışmışlar. Lakin bu hücum monastırdakı rahiblər tərəfindən silahlı müqavimətlə üzləşdiyinə görə uğursuzluğa düçar olmuşdur.

XVII əsrin əvvəllərində monastır ərazisində ilk mətbəə öz fəaliyyətinə başlamışdır. Mitropolit Pyotrun zamanında isə burada dini məktəb açılmış, o daha sonra bir sıra məktəblərlə birləşərək, müasir dövrdəki Kiyev-Mogilyan akademiyasını əmələ gətirmişdir.

1718-ci ildə burada dəhşətli yanğın baş vermiş, nəticədə kitabxana, arxiv, mətbəə və əsas kilsənin binası tamamilə yanaraq kül olmuşdur. Təəssüf ki, kitabxanada olan xeyli nadir əlyazma məhv olmuşdur. Həmin binalar yalnız on ildən sonra təmir edilərək istifadəyə verilmişdir.

Bu dövrdə lavranın ərazisində xeyli sayda kilsə binaları və dini xarakterli binalar inşa edilmişdir. Həmin zaman üçün məbədin əhəmiyyəti artan tempdə inkişafda olmuşdur.

Kommunistlərin hakimiyyətə yiyələnməsindən sonra, məbədə bir sıra yeniliklər həyata keçirilmişdir. İlk olaraq, onun başçısı, Kiyev mitropoliti Vladimir öldürülmüş, rahiblər isə artel işçisi kimi qeydiyyata alınmışdır. 1926-cı ildə sovet hakimiyyətinin qərarı əsasında onun ərazisində qoruq və muzey yaradılmışdır. Tədricən monastırlar tamamilə bu orqanların tabeliyinə verilmiş və 1930-cu ildə rahiblər buradan çıxarılmışlar. II Dünya Müharibəsi illərində dini ayinlər bərpa edilmiş, lakin lavranın ərazisi dağıntıya məruz qalmışdır. Monastır 1961-ci ildə yenidən bağlanmış, yalnız 1988-ci ildə dini obyekt olaraq, fəaliyyətin bərpa etmişdir.

Lavranın məşhur olan cəhəti ondan ibarətdir ki, burada bir çox din xadiminin çürüməmiş cəsədləri saxlanılır. Onlar lap əvvəldən başlayaraq, buradakı monastırlarda toplanmağa başlanmışdır. Pravoslav əqidəsinə əsasən onların çürüməməsi cəsəd sahiblərinin yüksək mənəviyyata, əxlaqa sahib olması və dindar cəhətləri ilə əlaqədardır. Kilsənin rəsmi fikrinə əsasən müqəddəs şəxslərin bədənləri Müqəddəs Ruhun məbədi kimi əlamətdardır. İddia olunur ki, Allahın xeyir-duası onlarda ölümdən sonra da yaşayır. Burada monastırın əsasını qoyan bir sıra şəxslərin, həmçinin yüksək mənəviyyatlı rahiblərin və müqəddəslik dərəcəsi almışların cəsədləri qorunur. Yaxın mağaralarda 80, Uzaq mağaralarda isə 45 müqəddəsin cənazəsi saxlanılır. Bunlar dindar ziyarətçilər üçün son dərəcə qiymətli və əhəmiyyətli təbərrüklərdir.

Lavranın ərazisində bir sıra dini təyinatlı tikililər mövcuddur. Onlardan ən əsası sayı 20-yə yaxın olan kilsələrdir. Kilsələrdən başqa, burada, rahib hücrələri, yataqxanalar, monastır başçısının iqamətgahı, Kiyev Ruhani Akademiyasının binası, mətbəə binası, müxtəlif bulaqlar, müdafiə əhəmiyyətli qüllələr, divarlar və başqa bir çox tikililər də mövcuddur. Bu tikililər zamanla məhv olmuşsa da sonradan yenidən bərpa edilərək, öz layiqli yerini tutmuşlar. Onlar müxtəlif dövrlərdə tikilsə də, stilləri eyni olmuş və vahid kompleks əmələ gətirmişdir.

Kiyev-Peçersk lavrası pravoslavların müqəddəs məkanlarından biri olmaqla yanaşı, həm də Ukraynanın əhəmiyyətli tarixi abidələrindəndir. Lavranın ərazisi dünyanın diqqətəlayiq yerlərindəndir və təsadüfi deyildir ki, YUNESKO tərəfindən Ümumdünya İrsinin siyahısına daxil edilmişdir.