Kil Universiteti tərəfindən 5 oktyabr 1665-ci ildə yaradılmışdır. Kil şəhərinin sakinləri başlanğıcda tələbə axınına olduqca şübhə ilə yanaşır və onların "acgözlükləri, içkiyə aludə olmaları və müəmmalı xarakterləri ilə olduqca zərərli" ola biləcəklərini düşünürdülər, lakin bir universitetin böyük iqtisadi üstünlüklər gətirdiyini düşünən şəhərlilər qalib gəldilər və beləliklə, Kil Alman Müqəddəs Roma İmperiyasının ən şimal universiteti oldu.

1773-cü ildə Kil Danimarka hakimiyyəti altına keçdikdən sonra universitet çiçəklənməyə başladı və 1867-ci ildə Kil Prussiyanın bir hissəsinə çevrildikdə universitet sürətlə böyüdü. Belə ki, universitet Almaniyada ilk botanika bağlarından birini açmışdı. Həmçinin, artan tələbə sayı ilə əlaqədar yaranmış zərurətdən irəli gələrək bir çox yeni korpusların layihəsini hazırlamışdı.

Kil Universiteti 1933-cü ildə siyasətinə riayət edən ilk alman universitetlərindən idi. Nəticədə bu ali məktəb və kimi bir çox professor və tələbənin universitetdən kənarlaşdırılmasına razı oldu. İkinci Dünya müharibəsi zamanı Kil Universitetinə böyük ziyan dəydi. Buna görə də universitet sonralar başqa yerdə yenidən quruldu; müharibə nəticəsində köhnə binalardan yalnız bir neçəsi qalmışdı ki, onlarda da hazırda universitetin tibb fakültəsi fəaliyyət göstərir.

2019-cu ildə Universitet üz ifadələrinin və jestlərin yer aldığı açıq ünsiyyətin zəruri olduğunu əsas gətirərək siniflərdə üzün tamamilə (niqabla və s. vasitələrlə) örtülməsini qadağan etmişdi.

• Teologiya fakültəsi
• Hüquq fakültəsi
• Biznes, İqtisadiyyat və Sosial elmlər fakültəsi
• Tibb fakültəsi
• İncəsənət və Humanitar elmlər fakültəsi
• Riyaziyyat və Təbiət elmləri fakültəsi
• Kənd Təsərrüfatı və Qidalanma fakültəsi
• Mühəndislik fakültəsi

• Frans Boas (1858–1942) — antropoloq
• Alis Bota (1979) — jurnalist
• Georq von Dadelsen (1918–2007) — musiqişünas
• (1895–1964) — bakterioloq, Nobel laureatı
• Yohanna Hellman (1889 −1982) — cərrah
• Prof. Dr. Döris Küniq — Almaniyanın ən ali məhkəməsi olan hakimi
• Volfqanq Kubitski (1952) — siyasətçi, Almaniyada (FDP) sədr müavini, Bundestaqın üzvü, 1992–1993-cü illərdə və 1996-cı ildən Şlezviq-Holşteyn parlamenti Landtaqda FDP-nin fraksiya lideri
• (1892–1951) — müharibə cinayətlərinə görə barəsində ölüm hökmü verilmiş nasist SS zabiti
• Viktoria Şmidt-Linsenhoff (1944–2013) — alman incəsənət tarixçisi və professor
• (1928–2001) — siyasətçi, Şlezviq-Holşteynin keçmiş baş naziri, Almaniyanın keçmiş maliyyə naziri
• (1947) — siyasətçi, Şimali Reyn-Vestfaliyanın keçmiş baş naziri, Almaniyanın keçmiş maliyyə naziri
• Erix Valter Şternberq (1891–1974) — bəstəkar
• Dr. Sibil Kessal-Vulf — Almaniyanın ən ali məhkəməsi olan hakimi