Böyük və kiçik qara ləkələr ilk dəfə 1989-cu ildə Voyacer-2 kosmik aparatı vasitəsilə müəyyən olunmuşdur. Kiçik qara ləkə Neptunun şərq ətrafında, 54 °Cənub enliyində hərəkət edirdi. Onun periodu 16,1 saata bərabər idi. Bu zaman kiçik qara ləkə siklonunda küləyin sürəti müəyyən edilməmişdir. 1994-cü ildə Neptuna göndərilən Habbl teleskopu bu siklonları müşahidə etməyib.

Kiçik qara ləkə böyük siklondan 30°Cənuba doğru hərəkət edir və periodu ondan 2 saat qısadır. Siklon mərkəzində alçaq təzyiq formalaşdıqdan sonra hava kütləsinin saat əqrəbi istiqamətində hərəkət etməsi nəticəsində yaranıb Also present within the dark region of the storm were sharp band-lines potentially indicating unseen high winds, despite exact measurements having never been taken. Bu zaman atmosferdəki böyük miqdarda metan qazı siklona doğru hərəkət etmişdir ki, bu da onun mərkəzinin tünd rəngə boyanmasına səbəb olmuşdur. "Sehrbaz gözü" adı ona gözə bənzəyən formasına görə verilib. Gözə oxşayan mərkəz metan-buz buludlarından formalaşıb.

1989-cu ildən sonra qara ləkələr müşahidə olunmamışdır. Habbl teleskopundan əldə edilən məlumatlar onların zəifləyərək məhv olduqlarını göstərir. Ancaq böyük qara ləkənin hələ də daha aşağı hündürlükdə fəaliyyətdə olması ehtimalı irəli sürülür. Bunu Neptun atmosferində görünən burulğanlar sübut edir. Qara ləkələrin məhv olma səbəbi kimi onların ekvatora yaxınlaşması göstərilir. Belə ki bu bölgədə sürētin saniyədə 400 metrə çatan hava axınları mövcuddur.