Kiçik Yeniseyin axması 23 il ərzində (1974–1999) Qızıldakı nəzarət-ölçü stansiyasında müşahidə edilmişdir. Bu dövrdə Qızılda qeydə alınan orta illik axın 59849 km² hövzə üzrə 410 m³/s olmuşdur. Bu Tuva kontekstində yüksək hesab edilə bilən illik ortalama 221 mm yağışa uyğundur. Çaylar üçün qidalanmanın əsasən mənbəyi yüksək Sayan dağlarında qar və buzlaqların əriməsi ilə təmin edilir. Yay yağışı yaz-yay aylarında, may-avqust aylarında düşür. Pik axını iyun ayında hövzənin zirvələrində qar və buzun kütləvi əriməsi zamanı baş verir. Yay boyunca axın tədricən azalır, buzun davamlı əriməsi səbəbindən səviyyə kifayət qədər yüksək qalır. Sentyabr ayından başlayaraq çay axını kəskin şəkildə azalır və noyabr-aprel ayları arasında donma zamanı minimal axın baş verir. Mart ayında qeydə alınan orta aylıq axın (minimum su səviyyəsi) 96.0 m³/s və ya iyun ayında axan axınının 10 % (1024 m³/s) təşkil edir. 23 illik müşahidə dövrü üçün minimum aylıq axın 1979-cu ilin mart ayında 76,3 m³/s, ən yüksək aylıq axını isə 1977-ci ilin iyun ayında 1680 m³ s müşahidə olmuşdur.

Bütün Kaa-Xemski, qismən Tuva Respublikasının Tere-Xolski və qismən Tandinski kojuunları çay hövzəsində yerləşir. 90-cı illərin ortalarına qədər yaşayış məntəqələrində bir neçə bərə keçidi var idi: Kok-Tey (regional əhəmiyyətə görə), Suq-Bazi, Buren-Xem, Kundustuq, Boyarovka, Kok-Haak, Derziq-Aksı, Ust-Buren, Bilbey və Sizim. 1997-ci ildə Kok-Tey rayonunu Qızıl şəhəri ilə daimi əlaqəsini təmin edən bir körpü istifadəyə verildi. Bərə keçidlərindən yalnız üçü bu gün aktiv olaraq qalır: Derziq-Aksı (25 ton), Bilbey, Sizim kəndlərində.

1992-ci ilə qədər çayda Qızıl — Sizim hissəsində sərnişin naviqasiyası mövcud idi. Daha sonra Kok-Tey bölgəsində bir körpünün inşası səbəbindən fəaliyyət dayandırıldı.

Yaz seli və uzun müddətli yay yağışları dövründə (May — İyul) Kiçikk Yenisey çayının səviyyəsi kritik olan 1–2 metri üstələdiyi zaman güclü daşqınlarla xarakterizə olunur. Bu zaman Derziq-Aksı, Sarıq-Sep, Kaa-Xem kimi yaşayış məntəqələrini su basmasına səbəb olur. Qızıl şəhərinin Orbita mikrorayonuda eyni aqibəti yaşayır. Daşqın zamanı Qızıl-Sarıq-Sep magistral yolunun iki kilometri də daxil olmaqla bütün yaylaq meşələri su altında qalır. Son güclü daşqınlar 1998, 2004, 2007 və 2010-cu illərdə müşahidə edilmişdir. Ən böyük ziyan Derziq-Aksı kəndindəki fərdi yaşayış evlərinə dəymişdir.

90-cı illərdə Çağıtay gölü müxtəlif ticarət əhəmiyyətli balıqların yetişdirilməsi üçün geniş şəkildə istifadə olunur, lakin Kiçik Yeniseylə əlaqəsi nəticəsində əvvəllər çayda yayılmamış balıq növlərinin (Çapaq və Qızılüzgəc) çaya girməsinə səbəb olmuşdur.

• .