O, 29 noyabr 1825-ci il tarixində Parisdə kasıb kareta ustasının ailəsində anadan olmuşdur. Onun atası 3 oğlundan yalnız Jan-Martinə yaxşı təhsil verə bilmişdir. Onu Kondors liseyinə qoyurlar. 1844-cü ildə o, Paris universitetinin tibb fakültəsinə daxil olur. Dörd ildən sonra o, 1658-ci ildən "qoca, epileptik və xəstə qadınar üçün sığınacaq" sayılan Salpetrier xəstəxanasında intern vəzifəsində çalışır.

1858-ci ildə o, tibb doktoru, 1860-cı ildə nevropatologiya professoru olmuşdur. 1862-ci ildə o, xəstəxanaya baş həkim qismində qayıdır və ona "psixi sayılmayan epileptik və isteriya"nı(o dövrdə isteriya psixi xəstəlik sayılmırdı) tədqiq edən bölmə verilir. 1866-cı ildə Şarko Salpetrierdə daxili, 1870-ci ildən isə sinir xəstəlikləri haqda leksiya oxumağa başlayır. Onun leksiyaları o qədər məşhurlaşır ki, hətta tanınmış həkim və alimlər onun leksiyalarına qulaq asmağa gəlirdilər. 1872-ci ildə o, Paris universitetinin tibb fakültəsində patoloji anatomiya professoru təyin olunur. Şarko sinir xəstəlikləri sahəsində genişmiqyaslı tədqiqatların lazım olmasını başa düşərək Salpetrierdə psixi pozuntulu yeni xəstələri qəbul etməyə başladı. Bunun üçün Salpetrierdə yeni laboratoriyalar və patoloji-anatomik muzey yaradılmışdır. Bu dəyişikliklər nəticəsində ixtisaslaşmış patoloji institut yaradılır. 1882-ci ildə Şarkonun dostlarının və özünün səyləri nəticəsində Salpetrierdə sinir xəstəlikləri üzrə yeni kafedra açılmış və bu kafedraya Şarko öz rəhbərlik etmişdir. 1880-ci ildə onun tərəfindən "Nevrologiyanın arxivi" adlı jurnal yaradılmışdır.

1883-cü ildə Paris Elmlər Akademiyasının üzvü təyin olunur. Bu vaxta qədər o, artıq əcnəbi akademiyaların və elmi cəmiyyətlərin üzvü olmuşdur. 16 avqust 1893-cü il tarixində Şarko Morvanda dünyasını dəyişmişdir. Onun dəfn mərasimi çox sakit şəkildə keçirilmişdir. Buna səbəb hələ sağlığında o, bildirmişdir ki, "onun tabutuna nə bir çələng qoyulsun, nə də danışıq nitqi söylənilməsin".

Özünün tədqiqat fəaliyyətinin başlanğıcında Şarko daxili xəstəliklərlə (vərəm,revmatizm, pnevmoniya, böyrək xəstəlikləri) məşğul olurdu. Sonra o beynin quruluşu, orada funksiyaların məhdudlaşması və beynin strukturunu pozan xəstəlikləri öyrənməyə başlamışdır. Şarko patomorfoloji dəlillərdən istifadə edərək, əzələlərin fəaliyyətdən qalması nəticəsində peyda olan poliomielit və bir neçə xəstəlik arasındakı əlaqəni yaratmışdır. 1868-ci ildə o, sklerozun, 1869-cu ildə isə yan amiotrofik sklerozun (Şarko xəstəliyi kimi də tanınır) ilk müfəssəl təsvirini vermişdir. Ş. Buşarla birlikdə beyinə qan axmanın səbəblərini vermişdir.

1870-ci ildən isə Şarko sinir sistemi xəstəlikləri (Parkinson xəstəliyi) ilə maraqlanmağa başlamışdır. O, Salpetrier klinikasında isteriya xəstələri ilə məşğul olan bölməyə rəhbərlik etmişdir. Özünün klinika praktikasında Şarko qadın xəstələrin beyin pozuntusu və bu cür orqanik pozuntuların olmadan iflic, korluq, şiş kimi bədən xəstəliklərindən əziyyət çəkdiyinə diqqət yetirmişdir. O, həmçinin, bu qadınların hipnoza yüksək hissiyatını müşahidə etmişdir. Tibb və psixopatologiya üzrə kütlə leksiyalarında Şarko hipnoz vasitəsilə eksperimentlər keçirərək xəstələrinin bədənin bir hissəsini iflic edirdi. Sonra Şarko onları hipnoz vasitəsilə yenidən əvvəlki sağlam vəziyyətlərinə qaytarırdı. Nəticədə o belə qərara gəlmişdir ki, isteriya vəziyyətində olan insan adi həyatda hipnoz altında olur. Onun fikrincə bu cür insanlar bədənin hansısa bir hissəsinə güclü və yaxud zəif bir zərbədən iflic ola bilərdilər.

Artıq Şarkonun ölümündən sonra 1899-cu ildə onun "Şəfaverici inam" kitabı nəşr olunur. Bu kitabda isteriya simptomlarının sağalmasında inamın həlledici rol oynadığı göstərilmişdir. Bütün bədən xəstəliklərinin müqəddəslər, onların quru cəsədi və ikonaları ilə sağalması da burada qeyd olunmuşdur. O bir dəfə belə söyləmişdir:

"Şəfaverici inamı dini və dünyəvi olmaqla iki hissəyə ayırmaq olmaz, bu eyni fəaliyyət göstərən eyni beyin prosesidir ". Şarko hesab edirdi ki, Assizli Fransisk, Müqəddəs Terezanın özü də "sonradan özlərinin şəfaverəcəkləri xəstəlikdən, daha doğrusu isteriyadan" əziyyət çəkmişdilər.

Şarko öz xəstəxanasında təkcə qadınları deyil, kişiləri də qəbul etməyə müvəffəq olmuşdur. Onun tədqiqatları nəticəsində belə qərara gəlindi ki, isteriya — təkcə qadın xəstəliyi deyil.

Şarkonun başçılıq etdiyi Salpetrierdəki elmi məktəbi ilə yanaşı, Nansidə başçılıq etdiyi məktəb var idi. Bu məktəb də klinikada yaradılmış və həmçinin hipnozun təbiətini və praktikada tətbiqini öyrənirdi. Nansi məktəbinin nümayəndələrinin fikrincə, müxtəlif insanlarda təsirlənmə qabiliyyəti müxtəlif dərəcədədir. Nansi məktəbinin fikrincə, hipnoz təbiətən psixolojidir, lakin Şarko hipnozu orqanik (üzvi) hesab edirdi. Hal-hazırda Nansi məktəbinin bu məsələdə düz olduğu aydınlaşdırılsa da, Şarkonun elmə verdiyi töhfələri unutmaq lazım deyil. Bu iki məktəb arasındakı diskussiyalar hipnotizm fəaliyyətinin öyrənilməsi üçün baza rolunu oynamaqla yanaşı, həm də sinir xəstəliklərinin tədqiqi və müalicəsi üçün real, effektiv vasitə olmuşdur. Onların tədqiqatların ən əsas nəticəsi, psixologiya və fiziologiya arasında sıx münasibətlərin yaranmasına gətirib çıxarması olmuşdur.

Şarko Ziqmund Freydə çox böyük təsir göstərmişdir. 1885-ci ildə Freyd Salpetrierdə təcrübə keçmək üçün Şarkonun yanına gəlir. Onun klinikada olduğu 4 ay, onun gələcək işlərinin istiqamətini müəyyən etdi. Şarko Freydi bacarıqlı tələbə hesab edirdi və ona inanaraq öz işlərini alman dilinə tərcümə etməyə verirdi. Məhz isteriya haqda öz tədqiqatlarında Freyd psixoanalizin ilk eskizlərini verir. O, sonralar J. M. Şarko haqda belə demişdir: " Heç bir insan onun qədər mənə təsir göstərə bilməmişdir…… Mən onun mühazirələrindən elə bil Notr-Damdakı kimi mükəmməllik haqda tam yeni təsəvvürlərlə dolu olan hisslərlə çıxırdım."

Şarkonun Salpetrierdə çalışması nəticəsində xəstəxana dünya əhəmiyyətli tədqiqat institutuna çevrilmişdir. Şarkonun Rişe, P. Jane, A. Bine kimi onun işini davam etdirən şagirdləri olmuşdur.