1426-ci ildə atasına hücum edib,amma müvəffəqiyyətsizliyə uğrayıb. Bunun üzərinə Gürcüstana çəkilib. Gürcüstan Kralı I. Aleksandrosun qızı Bagrationi ilə evlənib. Ancaq bu evlilik Trabzon üçün lazımlı dəstəyi verməyib. 1427-ci ildə Krımda olan Genuya kolonyasına gəmiylə getmiş, burada hazırladığı bir ordu ilə 1429-ci ildə Trabzona hərəkət etmişdir. Atası Aleksios ona qarşı gəlsə də, İohann bəzi zadəganların dəstəyini qazanmağı bacarmışdır. Bu zadəganlar atası çadırında yatarkən İohannın agentləri tərəfindən öldürülməsinə icazə vermişlər. Yuhannes'in qardaşı Aleksandros taxta keçməyi bacara bilməmiş, oktyabr 1429 tarixində İohann Trabzon imperatoru elan edilmişdir.

İohann hökmdarlığına atasını öldürənləri cəzalandırıb, atasını Metropolitan kilsəsinə basdıraraq başlamışdır. Hökmdarlığı qonşu Türkmən və qərbdən gələn Osmanlı axınları ilə keçmişdir. 1442-ci ildə II. Murat, sahilləri qarət edib, şəhəri ələ keçirmək üçün bir donanma göndərmişdir. Bu hücum, Trabzon üzərində çox böyük təsir göstərməmiş,amma ona bağlı Krıma yürüş edilmiş və Krımdan dönərkən yaşanan bir fırtına donanmaya ziyan vermişdir. Osmanlılardan II. Məhmədə qədər heç kim bir daha buraya hücum etməmişdir.

1451-ci ildə Bizans İmperatorluğunun diplomatı və tarixçi Georgios Frantzis Trabzona İohannın ailəsi ya da Gürcü Krallığı ilə XI. Konstantin Palaiologos arasında bir evlilik təklifi etmək üçün gəlmişdir. Ancaq müvəffəqiyyətli olmamışdır. 1453-ci ildə İstanbulun fəthindən sonra Trabzona və Venesiya Respublikasına boğazlardan istifadə əvəzinə ağır vergilər qoymuşdur. İohann bu mövzuda iş birliyi etməmişdir. Bunun üzərinə Sultan 1456-ci ildə Amasya qubernatorunu həm quru, həm də dəniz üzərindən Trabzona səfərə çıxarmışdır. Bu vəziyyətdə vergi ödəməyi qəbul etmişdir. Osmanlıya qarşı qonşu Presliklerle ailəsi ilə evlilikler etdirmişdir. Bunun yanında Roma Katolik Kilsəsi ilə birləşməyi qəbul etmək üçün dəstək axtarmışdır. Daha əvvəlki imperatorların əksinə Papa IV. Eugeniusun məktubuna cavab vermişdir. 1430-cu illərin sonunda Trabzon Metropoliti Basel məclisində Bizans din adamları ilə birlikdə iştirak etmişdir.

Lakin, Papalığa bu yanaşmalar digər əhəmiyyətli Qərb gücləri ilə olan əlaqələrlə parallel olmamışdır. Genuya və Venesiya Respublikaları ilə problemlər yaşanmışdır. 22 Aprel 1459 tarixindən yerinə David keçmişdir.

İohann iki dəfə evlənmişdir: Gürcüstan Kralı I. Aleksandrın qızı Bagrationi ilə və adı günümüzə çata bilməmiş Dawlat Berdinin qızı ilə.

İlk evliliyindən:

• Aleksios (1455-1463),
• Konstantinopolis- edam edilmişdir,
• Teodora (Dəspinə xatun)-Ağqoyunlular hökmdarı Uzun Həsən ilə evlənmişdir .
• Eudokia-Valenza-İtalyan əsilli Syros Lordu Niccolò Crisponun arvadı (IV. Aleksiosun qızı olma ehtimalı da var)

• Kazhdan, Alexander, ed. (1991), Oxford Dictionary of Byzantium, Oxford University Press, ISBN 978-0-19-504652-6
• W. Miller, Trebizond: The Last Greek Empire of the Byzantine Era, Chicago, 1926.

1. ↑ IV İohann.