Atası Trabzon imperatoru II Alekseyin Konstantinopoldakı oğlu Mixail, anası isə Bizanslı saray əyanlarından Konstantin Akropolisin qızı Akropolitissadır. Uşaqlıq illəri Konstantinopolda keçdi. Atası Mixailin 1342-ci ildə Trabzona səltənətə çağırılması və daha sonra həbs edilməsinin ardından imperatriça Annanın əleyhdarları tərəfindən taxta namizəd göstərildi.

Saray əyanlarının səltənətə dəvət məktubunu almasının ardından İohann Komnenos Genuya və Bizans gəmiləriylə Trabzona yola düşdü. 3 sentyabr 1342-ci ildə şəhərə daxil oldu və taxtı ələ keçirdi. Anna Komnini boğularaq öldürüldü, tərəfdarları isə edam edildi.

2 illik qısa səltənətində mühüm hadisə baş verməmişdir. Əyləncə və ziyafətlərlə keçən lüks həyat tərzindən şikayətlənən yerli xalq tərəfindən 3 may 1344-cü ildə taxtdan endirildi və sürgündə saxlanılan atası Mixail taxta çıxarıldı. Əvvəlcə Konstantinopola, 1345-ci ildə isə Hadrianopola sürgün edildi. 1357-ci ildə sürgündən qaçdı və bir müddət izini itirdi. 1362-ci ildə Sinop yaxınlığında vəfat etmişdir.

• Claude Cahen, Pre-Ottoman Turkey: A General Survey of the Material and Spiritual Culture and History c. 1071–1330, 1968
• George Finlay, The History of Greece and the Empire of Trebizond, (1204–1461) (Edinburgh: William Blackwood, 1877)
• Alexander Kazhdan, (Ed.) (1991). The Oxford Dictionary of Byzantium (İngilizce). Oxford ve New York: Oxford University Press. ISBN 0-19-504652-8

1. Lundy D. R. Ioannes III Comnenos, Emperor of Trebizond //  (ing.).
2. Jackson Williams, Kelsey (2007). "A Genealogy of the Grand Komnenoi of Trebizond". Foundations: The Journal of the Foundation for Mediaeval Genealogy.