808-ci ildə Kufənin cənubunda əski bir Arami şəhəri olan Hiyrədə doğuldu. Ailəsi İbad adıyla bilinən xristian Ərəb qəbiləsinə mənsub olduğundan İbadi nisbəsiylə anılmışdır. Atası İshaq əczaçılıqla məşğul idi. Ata məsləyi Huneyni uşaq yaşda təsir göstərərək tibb elminə yönləndirdi.

Doğulduğu yerdə xristian din təhsili alan Huneyn on iki yaşlarında ikən Bağdada getdi. Burada mənşəli həkim İbn Masəveyhin tələbəsi oldu. Ancaq Huneynin sual sormağı və dartışmağı sevən təbiəti müəllimini rahatsız edirdi. Əsasən Bağdadda fəaliyət göstərən mənşəli həkimlər, əsasən əhalisi tüccar olan Hirəlilərin tiblə məşğul olmasını xoş qarşılamırdılar. Huneyn dərs əsnasındakı israrlı suallarına davam edincə İbn Masəveyh onu dərs halqasından çıxardı. Bu qürur qırıcı hadisə Huneyni dönəmin tibb və fəlsəfə dili olan Yunan dilini öyrənməyə sövq etdi. Bu dili harada və kimdən öyrəndiyi bilinməməklə bərabər öncələri Bağdadda İbnül-Hasi adlı bir şəxsdən dərs aldığı, daha sonra da və Bizansa getdiyi anlaşılır. Bu arada Ərəb dili bilgisini yaxşılaşdırmaq üzərə Bəsrəyə gedən Huneyn dövrün məşhur dil alimlərindən faydalandı. Onun Fars bölgəsinə gedib Xəlil ibn Əhməddən sərf və nəhv (Ərəb qrammatikası) öyrəndiyi yolundakı bilgilər doğru deyildir. Bəlli bilgidir ki, Xəlil ibn Əhməd Huneynin doğumundan öncə vəfat etmişdir. Huneyn Yunanca və Ərəbcə bilgisini inkişaf etdir, görgüsünü artırmış, təməl qaynaqları toplamış gənc bir alim və təbib olaraq Bağdada döndü. Onun bu müddət içində Farsca da öyrəndiyinə, hətta Farscadan tərcümələr etdiyinə dair bilgilər də məsnədsizdir; zira əsərləri arasında heç bir Farsca kitabın adı keçmir. Farsca tibb terminlərinə hakimiyəti, bu dili bilməyən digər Ərəb həkimlərinin də vaqif olduğu Cündişapur tibb terminologiyasını tanımasıyla ilgilidir.

Huneyn, Bağdadda ilk tərcümələrini Abbasi xəlifəsi Məmunun özəl həkimi Cibrail ibn Buhtişuun istəyiylə etdiyi zaman hələ on yeddi yaşındaydı və Calinusdan "Fil-Qüvət-təbiiyyə" və "Fi Əśnafil-ĥumməyat" adlarıyla etdiyi iki tərcümə Cibraili heyran buraxmışdı.Bu gəlişmələrdən sonra yenidən İbn Masəveyhin tələbəsi olan Huneyn, Cibrailin araçılığıyla Beytülhikməyə mütərcim olaraq qəbul edildi. Beləcə aramsız bir tərcümə dönəmi başlamış oldu. Gərək Beytülhikmə, gərəksə elmi inkişafları yaxından təqib edən seçkin şəxslər üçün çox sayda əsəri Yunan dilindən Süryanicə və Ərəbcəyə çevirdi. Xəlifə Məmunun himayəsi yanında Bəni Musa qardaşların kitab təmin etmək üçün Bizansa göndərdiyi heyət arasında Huneyn də vardı. Mötəsim-Billah, Vasiq-Billah və Mütəvəkkil-Aləllahın xidmətində də olan Huneyn tərcümə fəaliyəti ilə bərabər Mütəvəkkilin özəl həkimi də oldu. Rəvayətə görə xəlifə bir düşməni üçün zəhər hazırlamasını istəyincə Huneyn dini inanc və məsləki əxlaqının belə bir şeyə izin vermədiyini söyləyərək təklifi rədd etmiş, bunun üzərinə həbsə atılmışdı. Xəlifənin israrlı tələblərini həbsdə ikən də rədd edincə Mütəvəkkilin güvənini qazanmış və həbsdən çıxarılaraq onun özəl həkimliyinə təyin edilmişdi.