Dövrün Osmanlı padşahı II Əbdülhəmid dövründə, 30 may 1906-cı il tarixində tikintisinə başlanmışdır. 19 avqust 1908-ci il tarixində tamamlanıb istifadəyə verilmişdir. Bir rəvayətə görə binanın yerləşdiyi sahəyə III Səlimin paşalarından Heydər Paşanın adı verilmişdir. Binanın tikintisini Anadolu Bağdad adı altında bir Alman şirkəti həyata keçirdib. Həmçinin bir Almanın təşəbbüsü ilə vağzalın qarşısında mendirek inşa edilərək Anadoludan gələcək və ya Anadoluya gedəcək vaqonların kommersiya əşyasını yükləmə və boşaltma funksiyası üçün qurğular tikilibdir.

İki Alman memar Otto Ritter və Helmuth Cuno tərəfindən hazırlanan layihə qüvvəyə minmiş, vağzalın tikintisində Alman ustalarla İtalyan daş ustaları birlikdə çalışmışdır. I Dünya Müharibəsi zamanı vağzal anbarında olan sursatlara 1917-ci ildə edilən bir təxribatla çıxan yanğın nəticəsində binanın böyük bir hissəsi ziyan görmüşdür. Yenidən təmir olunan bina bugünkü şəklini almışdır. 1979-cu ildə Heydərpaşada Independenta adlı tankerin bir gəmiylə toqquşması nəticəsində meydana gələn partlayışdan və istidən binanın O Linneman adlı ustanın düzəltdiyi kurşun vitrayları zərər çəkib. 1976-cı ildə əslinə uyğun olaraq yenidən geniş miqyasda bərpa olunmuş və 1983-cü ilin sonunda dörd xarici fasadla iki qüllənin bərpası başa çatdırılmışdır.

28 noyabr 2010-cu il tarixində damında çıxan böyük yanğından sonra damı çökmüş və 4-cü mərtəbəsi istifadəyə yararsız hala gəlmişdir.

Ankara-İstanbul Yüksək Sürətli Qatar Layihəsi çərçivəsində Istanbul-Eskişehir hissəsindəki dəmir yolu işləri səbəbiylə, 1 fevral 2012-ci il tarixindən etibarən 24 ay müddətinə ölkə daxili qatar səfərlərinə ara verilib.

•  
  Heydərpaşa vağzalı Miniatür maketi
•  
  Daxili görnüşü
•  
  Heydərpaşa vağzalı soldan sağa xarici görünüşü
•  
  28 noyabr 2010-cu il yanğınından görüntü
•  
  Heydərpaşa vağzalı
•  
  Dəniz və dəmiryolu bağlantısını göstərən bir şəkil