1893-cü ildə Nehrəmdə doğulmuşdur. İlk təhsilini Naxçıvanda üsuli-cədid məktəbində almışdır. 1913-cü ildə İrəvan seminariyasını bitirmiş və gimnaziyanın səkkizinci sinfinə imtahan vermiş və 1914–1918-ci illərdə, birinci dünya müharibəsi başlananda qısa müddət hərbi məktəbdə təhsil almış və ön cəbhəyə göndərilmişdir. 1915-ci ilin iyun ayında kiçik zabit rütbəsində Qalitsiya uğrunda döyüşlərdə almanlar tərəfindən əsir alınsa da, 1918-ci ildə hərbi əsirlər dəyişdirilərək yaralılar sırasından keçərək Türkiyədən Azərbaycana qayıtmışdır.

1918-ci ilin noyabrında Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin Milli Ordusunun kiçik komandirlər hazırlayan məktəbində müəllim işləmişdir.

1937-ci ildə repressiya məruz qalmış, ailəsi ilə birlikdə məhv edilmişdir.

Aprel işğalından sonra məktəbin kollektivi ilə birlikdə Sovet hakimiyyəti tərəfinə keçmiş, Azərbaycan Birləşmiş Hərbi Məktəbi Ermənistanda, həmçinin Azərbaycan qəzalarında daşnaklara və banditizmə, Gürcüstanda menşeviklərə qarşı hərbi əməliyyatda iştirak etmişdir. Heydər Vəzirov Respublika hərbi komissarı kimi milli hərbi kadrların hazırlanmasında böyük xidmətlər göstərmişdir.

O, 1925–1927-ci illərdə Göyçay Qəza İcraiyyə Komitəsinin sədri vəzifəsində, 1927–1934-cü illərdə isə Azərbaycan SSR xalq torpaq komissarı vəzifələrində işləyib. AKP 12-ci və 13-cü qurultaylarında MK üzvü, Azərbaycan MİK(8-ci çağırış), ZSFSR MİK(7-ci çağırış) və SSRİ MİK -in (7-ci çağırış) üzvü seçilmişdir

1923-cü ildə Heydər Vəzirov "Qırmızı Bayraq ordeni" ilə və 6197 nömrəli Fəxri Fərmanla təltif olunmuşdur.