Heydər Əfəndiyev 1907-ci ildə Şəki şəhərində anadan olmuşdur. 1929-cu ildə Azərbaycan Dövlət Universitetinin təbiət–riyaziyyat fakültəsinə daxil olub, oranı bitirdikdən sonra fəhlə fakültəsinin tədris hissə müdiri vəzifəsində çalışaraq, eyni zamanda kimya fənnindən dərs demişdir. 1940-cı ildə dissertasiya işini mudafiə edərək, geokimya ixtisası üzrə Azərbaycanda ilk elmlər namizədi olmuşdur. 1958-ci ildə elmlər doktoru, 1959-cu ildə professor, 1962-ci ildə Azərbaycan EA-nın müxbir üzvü seçilmişdir.

H.Əfəndiyev 27 yanvar 1967-ci ildə vəfat etmişdir.

Heydər Əfəndiyev 1933-cü ildə Bakıda SSRİ EA Azərbaycan filialının Geologiya bölməsindəki geokimya laboratoriyasında baş laborant kimi elmi fəaliyyətə başlayıb böyük elmi işçi səviyyəsinə kimi yüksəlmişdir. 1941-ci ildə yerli mineral xammalların tədqiqinin və onların hərbi müdafiə məqsədi üçün istifadə olunmasının vacibliyini nəzərə alaraq Heydər Əfəndiyev Kimya İnstitutunda qeyri-üzvi kimya laboratoriyasına rəhbər təyin olunur. 1949-cu ildə isə "Geokimya və radiokimya" laboratoriyasına rəhbərlik etməklə yanaşı həmin institutun direktoru vəzifəsinə irəli çəkilir. Onun rəhbərliyi dövründə (1949-1967) institutun elmi-tədqiqat dairəsi daha da genişlənir, kristallokimya, nadir elementlər kimyası, analitik kimya və s. istiqamətlərdə bu gün də fəaliyyət göstərən laboratoriyalar təşkil edilir. Heydər Əfəndiyevin çoxşaxəli elmi yaradıcılığında ona böyük şöhrət qazandıran geokimyəvi tədqiqatlar olmuşdur. Bu elm sahəsi sonradan daha da inkişaf etdirilərək mineral suların geokimyası, endogen əmələgəlmələrin geokimyası, neft yataqları lay sularının radiaoaktivliyi və geokimyası, mineral maddələrin texnologiyası və s. kimi müxtəlif istiqamətlər almışdır. Heydər Əfəndiyev 1938-1945-ci illərdə Azərbaycan Sənaye İnstitutunda assistent və dosent, 1945-1958-ci illərdə Bakı Dövlət Universitetində professor işləmişdir. O, elmi fəaliyyətinin ilk günlərindən Azərbaycanın müxtəlif regionlarının mineral sularının radiokimyəvi tədqiqi ilə çox ciddi məşğul olmuşdur. Nəticədə uzunmüddətli gərgin əməyin bəhrəsi olan böyük praktiki əhəmiyyətli "Azərbaycan mineral sularının radioaktivliyi" (1953) monoqrafiyasını dərc etdirmişdir. Heydər Əfəndiyevin elmi yaradıcılığının əsas istiqamətini maqmatik süxurlarda kimyəvi elementlərin paylanma qanunauyğunluqlarının və filiz yataqlarında nadir elementlərin geokimyasının tədqiqi təşkil edir. 1940-cı ildə bu mövzuda dissertasiya işini mudafiə edərək, geokimya ixtisası üzrə Azərbaycanda ilk elmlər namizədi olmuşdur. Həmin iş kobalt və mis elementləri haqqında məlumatlar da əlavə olunmaqla ayrıca kitab kimi dərc edilmişdir (1945). Heydər Əfəndiyevin elmi yaradıcılığında müxtəlif tip formasiyalara məxsus filiz yataqlarında baş, nadir və səpələnmiş elementlərin paylanma qanunauyğunluqlarının araşdırılması mühüm yer tutur. Bu elmi işlər əsasında o, doktorluq dissertasiyası müdafiə etmiş və "Kiçik Qafqazın şimal-şərq hissəsinin hidrotermal filiz kompleksi" (1957) kimi bu gün də aktual olan çox qiymətli monoqrafiyasını hazırlamışdır. Sonralar bu istiqamətdə tədqiqatlarını davam etdirəcək kolçedan, polimetal, mis-molibden, dəmirfilizi və Kiçik Qafqazın digər tip yataqlarında nadir elementlərin geokimyasına dair zəngin material əldə edərək, onları "Nadir elementlərin geokimyası" (1966) məqalələr məcmuəsində cəmləmişdir. Neft-lay sularının geokimyası da Heydər Əfəndiyevin elmi marağının ayrılmaz hissəsi olmuşdur. Neft-lay suları-çökmə süxurlar sistemində radioaktiv elementlərin geokimyasına dair apardığı elmi-tədqiqatlar əsaslı yenilik hesab edilir. Geokimyəvi tədqiqatların istehsalatda tətbiqi Heydər Əfəndiyevin ümdə arzularından biri olmuşdur. Kiçik Qafqazın şimal-şərq hissəsi üçün geokimyəvi dəlillər əsasında hazırladığı proqnoz xəritəsini Azərbaycan Respublikası üçün ilkin hesab etmək olar. Burada əsasən regionun məlum filiz yataqlarında baş elementlərin və səciyyəvi nadir elementlərin konsentrasiyaları əks etdirilmişdir. Heydər Əfəndiyev elmi əsərlərində nəzəri problemlərlə yanaşı, bir sıra praktiki təkliflər də irəli sürmüşdür. Ayrı-ayrı filiz yataqları üçün nadir elementlilik potensialı müəyyən edilərək filizlərin işlənilməsi prosesində baş metalları müşayiət edən konkret nadir elementlərin çıxarılması tövsiyə edilmişdir. Heydər Əfəndiyevin Azərbaycan Elmlər Akademiyasının 10 illiyinə həsr edilmiş elmi sessiyada "Mineral xammal ehtiyatları, onların öyrənilməsi və xalq təsərrüfatında istifadəsinə dair vəzifələr haqqinda" mövzusunda geniş məruzəsi mühüm elmi və praktiki əhəmiyyət daşıyırdı. Geokimyaçı alimin irəli sürdüyü bir sıra müddəalar bu gündə öz aktuallığını saxlamışdır. O, eyni zamanda geniş yayılmış mineral sulardan müalicə məqsədi ilə istifadə olunması üçün xeyli tədqiqat işləri aparmışdır. Bir kimyaçı-texnoloq kimi Heydər Əfəndiyev elmi fəaliyyətinin mühüm hissəsi respublikamızın zəngin mineral sərvətlərinin (serpentinitlər, sulfidlər, gillər, dolomit, duz və s.) kimyəvi tərkibinin öyrənilməsinə və sənayedə istifadə üçün onlardan bir sıra qiymətli maddələrin kompleks çıxarılmasına həsr olunmuşdur. Bu tədqiqatlarla bağlı "Serpentinitlərdən istifadə yolları" məqalələr məcmuəsi hazırlanmışdır. Heydər Əfəndiyev filiz yataqlarının mineralogiyası və geokimyası sahəsində yüksək ixtisaslı kadrların yetişməsində böyük işlər görmüşdür. Sənye İnstitutunda və Azərbaican Dövlət Universitetində geokimya və mineralogiyanın fiziki-kimyəvi əsasları fənlərindən sadə və anlaşıqlı dildə oxuduğu mühazirələr tələbələrin yaddaşında uzun illər saxlanırdı. O, yalnız mühazirə oxumaqla kifayətlənməyərək bir sıra tədris-metodik əsərlər də yazmışdır ki, onlardan indi də ali məktəb müəllimləri məmnuniyyətlə istifadə edirlər. Bununla yanaşı Heydər Əfəndiyev o zaman üçün çox vacib olan tələbə elmi cəmiyyətlərinin yaranmasında və istedadlı gəncləri buraya toplayıb elmin əlifbasını onlara öyrətməkdə böyük işlər görmüşdür. Ana dilimizdə dərsliklərin kifayət qədər olmamasını nəzərə alaraq o, geologiya və kimya terminləri lüğətlərinin tərtib olunmasında fəal iştirak etmişdir. Onun rəhbərliyi altında geologiya və kimya sahəsində yetişən onlarla elmlər doktoru və namizədi hazırda müxtəlif elm və təhsil ocaqlarında fəaliyyət göstərməkdədir. Böyük ürəyə, ağıla malik, sadə və həssas, tələbkar elmi rəhbər, gözəl natiq və inzibati işçi, alim-təşkilatçı olan Heydər Əfəndiyev onu tanıyanların yaddaşında həmişə belə qalacaqdır.

Heydər Əfəndiyev 216 elmi əsərin, 8 monoqrafiya və kitabın müəllifidir. Onun redaktorluğu ilə 22 monoqrafiya və məqalələr toplusu çapdan çıxmışdır.

• Г.Х.Эфендиев «Никеленосность ультраосновных пород Азербайджана». Баку. Изд-во АН Азерб. ССР,1945, 53 c.
• Под редакцией Г.Х.Эфендиева. “Бентонитовые глины (Гильаби) Азербайджана”. Баку. Изд-во АН Азерб. ССР. 1951.93 c.
• Г.Х.Эфендиев «Минеральные источники Азербайджана». Баку. Изд-во АН Азерб.ССР. 1952. 60 c.
• Г.Х.Эфендиев «Радиоактивность минеральных вод Азербайджана». Баку. Изд-во АН Азерб. ССР. 1953. 42 с.
• Г.Х.Эфендиев «Гидротермальный рудный комплекс северо-восточной части Малого Кавказа». Баку. Изд-во АН Азерб. ССР. 1957. 342 с.
• Г.Х.Эфендиев Э.Н.Алиханов, А.Д.Амиров. «Промышленность Азербайджана за 40 лет». (1920–1960). Баку. Азнефтеиздат. 1960. 135 c.
• Г.Х.Эфендиев, Р.Ф.Алекберов,А.Н.Нуриев «Вопросы геохимии радиоактивных элементов нефтяных месторождений». Баку. Изд-во АН Азерб. ССР.1964. 149 c.
• Heydər Əfəndiyev, P.H.Rüstəmov, Z.S.Qarayev “Nadir elementlər kimyasına giriş”. Bakı. Azərnəşr.1964. 236 s.
• Сборник статей "Геохимия редких элементов" (редактор).Баку, Изд-во АН Азерб. ССР. 1966. 22 с.

Dəlidağ intruziv massivində uranın paylanması haqqında “S.M.Kirov adına ADU–nun elmi əsərləri”, 1959, №6, s. 3-10, (Ə.N.Nuriyev və Ə.S.Heydə¬rovla birlikdə) К геохимии галлия в колчеданно-полиметаллическом и медно-пирро¬тиновом типах месторождений. «ДАН Азерб. ССР», 1965, т. XXI, №11, с. 12-14. (Совместно с Н.А.Новрузовым, Р.С.Абдул-лаевой) О растворенных органических веществах нефтяных месторождений Азербайджана. «Азерб. нефт. хозяйство», 1965, №6, с.9-12 (Совместно с А.Н.Нуриевым) Редкие элементы железорудного месторождения Дашкесана. В кн.: «Геохимия редких элементов». Баку, Изд-во АН Азерб. ССР, с.31-36 Скандий в ультраосновных породах Малого Кавказа (Азербайджанская ССР). «Геохимия», 1966, №12, с.1457-1462. (Совместно с З.Б.Абдул¬лаевым, З.Э.Бабаевой) Neft yataqlarının lay sularında həll olunmuş üzvi maddələrin tərkibi haqqında. “Azərb. SSR EA Məruzələri”, 1966, c.XXII. №8, s.29-31. (Ə.H.Nuriyevlə birlikdə) К геохимии никеля и кобальта в ультраосновных породах офиолитовой формации Малого Кавказа (Азербайджан). «Геохимия», 1967, №4, с.425-432. (Совместно с З.Б.Абдул¬лаевым, В.В.Щербиной) Об алтаите из руд рудопроявления Ковурмардара. ИЗВ. АН Азерб. ССР. сер. наук о Земле, 1967, №5, с.65-69. (Совместно с З.Э.Бабаевой) Распределение селена и теллура на Филизчайском месторождении. В сб. «Исследование в области неорганической и физической химии и их роль в химической промышленности». Баку, АзИНТИ, 1969, с. 68-73 (Совместно с Н.А.Новрузовым, А.С.Гейдаровым )

Способ электролитического получения теллура 1965. Авторское свидетельство №16544

Qeyri-üzvi və Fiziki Kimya İnstitutunun direktoru (1949-1967)

Heydər Əfəndiyev 14 elmi əsərə və konfrans materiallarına redaktorluq edib

Heydər Əfəndiyevin rəhbərliyi ilə 12 fəlsəfə doktoru, 1 elmlər doktoru hazırlanmışdır.

Heydər Əfəndiyev "Azərbaycan Kimya jurnalı"nın və "Elm və həyat" jurnalının redaksiya heyətinin üzvü.

Heydər Əfəndiyev 1938-1945 -ci illərdə Azərbaycan Sənaye İnstitutunda assistent və dosent, 1945-1958-ci illərdə BDU-da əvvəlcə dosent sonra professor kimi işləmişdir.

• 2-şərəf nişanı ordeni, 1945, 1951
• "Qafqazın müdafiəsinə görə" medalı, 1945
• “Azərbaycan SSRİ Ali Sovetinin Rəyasət Heyətinin Fəxri Fərmanı” -1960
• “1941-1945-ci illərin Böyük Vətən Müharibəsində rəşadətli əməyinə görə” medalı -1946;