Daha 24 yaşında Gent Universitetinde professor oldu. Birinci dünya müharibəsində almanlara qarşı savaşarkən əsir düşdü və sürgünə göndərildi. Belçika Kraliyyet Akademiyası üzvü oldu.

Daha çox iqtisadi və sosial tarixlə ilgiləndi. Ən önəmli əsəri, yeddi cildlik Belçika Tarixi (Histoire de la Belgique), 1899-cu və 1932-ci illər arasında çap olundu. Avropaya aid bir tarixin kökənlərini ortaya qoyan Məhəmməd və Charlemagne (Mahomet et Charlemagne, 1935) və Orta əsr şəhərlərinin (1926) yaranmasını açıqlayan tezisləri məşhurdur. Ona sıx yönəldilən bir əsasnamə həddən aşırı Belçika milliyetçiliyi aparmasıydı. Belçikanın quruluşunu qədər dayandırır, bu iddiasıyla çarpazlaşmamaq üçün Liege Prensliyi kimi önəmli tarixi siyasi təşkilatları görməzdən gelirdi. Buna qarşı, Belçikadaki etnik ayrımı əsla inkar etmədi, və etnik kimliklərini yüzillər boyu qoruduğunu qəbul etdi.

Rəssam qardaşidir. Oğlu Jacques Pirenn də məşhur bir tarixçidir.

Henri Pirenne Roma imperiyasını çökməsini 5-ci əsrdə alman və digər barbarların hücumu ilə deyil, 8-ci əsrdə İslamın geniş fəthləri nəticəsində Avropada böyük ticarətin ölməsi və Avropanın aqrar ölkəyə çevrilməsi ilə əlaqələndirdi. bu, Pirenne tezisi kimi tanınan ideyanın tərkib hisssəsidir.