Hacıfəxrəddin Səfərli 29 sentyabr 1949-cu ildə Naxçıvan MSSR, Naxçıvan (indiki Babək) rayonunun Cəhri kəndində anadan olmuşdur. 1967–1971-ci illərdə Azərbaycan Pedaqoji İnstitutunun Naxçıvan filialının tarix fakültəsində təhsil almışdır.

1971–1979-cu illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikası Babək rayonunun Cəhri kənd orta məktəbində tarix müəllimi kimi fəaliyyətə başlamışdır. 1973–1974-cü illərdə hərbi xidmətdə olmuşdur. 1995-ci ildə Naxçıvan Dövlət Universitetinin ümumi tarix kafedrasında 0,5 ştat müəllim kimi işə başlamışdır. 1996-cı ildən etibarən Naxçıvan Dövlət Universitetinin Azərbaycan tarixi kafedrasında müəllim, baş müəllim, dosent vəzifələrində çalışmışdır. 2006-cı ildən kafedranın professorudur. Həmçinin, bu müddət ərzində tarix-filologiya fakültəsində elmi işlər üzrə dekan müavini, 2002–2007-ci illərdə NDU Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin sədri olmuşdur.

1979-cu ilin noyabrında Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyası Naxçıvan elm mərkəzində kiçik elmi işçi kimi fəaliyyətə başlamış, böyük elmi işçi və şöbə müdiri kimi çalışmışdır. 1987-ci ildə "Naxçıvan MSSR-in ərəb-fars dilli kitabələri tarix mədəniyyət abidələri kimi (XVI–XIX əsrlər)" mövzusunda fəlsəfə doktoru, 2004-cü ildə "Naxçıvanda sosial-siyasi və iedoloji mərkəzlər" mövzusunda elmlər doktoru dissertasiyası müdafiə etmişdir. 2007-ci ildə AMEA Naxçıvan Bölməsi Tarix, Etnoqrafiya və Arxeologiya İnstitutunun direktoru vəzifəsində çalışır. 2010-cu ildə professor diplomu almışdır. 2014-cü ildən AMEA Naxçıvan Bölməsi Rəyasət Heyətinin üzvüdür.

Hacıfəxrəddin Səfərli Azərbaycan tarixinin müxtəlif problemlərinə həsr olunmuş 300-ə yaxın elmi əsərin, o cümlədən 30-a yaxın monoqrafiya, kitab, dərslik, ümumiləşdirici əsər və s. müəllifidir. 2 cildlik Naxçıvan ensiklopediyasının, Naxçıvan abidələri ensiklopediyasının (Azərbaycan və ingilis dillərində), Naxçıvan tarixi atlasının və 3 cildlik Naxçıvan tarixinin əsas müəlliflərindən biridir.

Naxçıvan Muxtar Respublikası ərazisindəki epiqrafik abidələr ilk dəfə olaraq sistemli şəkildə tədqiq olunmuşdur. 600-dən artıq epiqrafik abidə qeydə alınmış, onların estampları, fotosu, ölçüsü götürülmüş, mətnləri oxunaraq Azərbaycan dilinə tərcümə edilmişdir. Kitabələrin əksəriyyəti ilk dəfə olaraq elmi dövriyyəyə daxil edilmişdir. Bu kitabələrin təqdim etdiyi məlumatlar Azərbaycanın orta əsrlər dövrü tarix və mədəniyyətinin öyrənilməsində tarixi mənbə kimi tədqiq olunmuşdur.

Tədqiqatlar nəticəsində orta əsrlər zamanı Naxçıvanda yaşamış çoxlu görkəmli şəxsiyyətlərin, o cümlədən dövlət xadimlərinin, sənətkarların, alimlərin və s. adları, qəbirlərinin yeri, vəfat tarixləri müəyyənləşdirilmiş, bir sıra yaşayış yerlərinin, memarlıq abidələrinin və s. dövrü təyin edilmişdir.

Həmçinin kitabələrin məlumatları əsasında orta əsrlər zamanı Naxçıvan bölgəsində fəaliyyət göstərən sufiliklə bağlı mərkəzlər öyrənilmişdir. Məlum olmuşdur ki, Naxçıvanda Səfəviyyə, Bektaşiyyə, Hürifiyyə, Nöqtəviyyə, Qələndəriyyə və s. sufi təriqətlərinə mənsub xanəgahlar fəaliyyət göstərmişdir.

1. Naxçıvan ziyarətgahları. Bakı: Qorqud, 1998, 84 s.

2.Оrdubad şəhərinin epiqrafik abidələri. Bakı: Elm, 2001, 80 s.

3. Culfa bölgəsinin epiqrafik abidələri. Bakı: Elm, 2002, 80 s.

4. Duaların Allaha çatdığı yer — Əshabi-Kəhf. Bakı: Elm, 2002, 48 s.

5. Naxçıvanda sosial-siyasi və ideoloji mərkəzlər. Bakı: Elm, 2003, 392 s.

6.Оrta əsrlərdə Naxçıvanın sosial-siyasi həyatında dini mərkəzlərin rolu. Bakı: Elm, 2003, 392 s.

7.Оrdubad şəhərinin müsəlman epiqrafikası abidələri. Bakı: MBM, 2009, 192 s.

8. Naxçıvanda sufiliklə bağlı mərkəzlər. Bakı: Elm və təhsil, 2013, 328 s

9. Heydər Əliyev irsi — əbədiyaşar təlim. Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2014, 200 s

10. Kəhriz sistemləri. Bakı: İndiqo, 2010, 159 s.

11.Еpiqrafika. Bakı: MBM, 2010, 144 s.

12. Tarix dərslərinin ictimai-siyasi məlumatlarla əlaqələn-dirilməsi. Bakı: Elm, 2002, 80 s.

13.Аzərbaycan tarixi dərslərində epiqrafik materiallardan istifadə. Bakı: MBM, 2009, 52 s.

14. Tarixi mənbələrdə Nuh peyğəmbər. Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2015, 158 s.

15. Naxçıvanın epiqrafik abidələrində görkəmli şəxsiyyətlər. Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2016, 144 s

16."Əshabi-Kəhf Ziyarətgahı" Dini-Mədəni Abidə Kompleksi. Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2016, 72 s.

17. Naxçıvanın Türk-İslam mədəniyyəti abidələri. Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2017, 216 s.

18.Эпиграфические памятники Нахчывана. Нахчыван: ИПО "Аджеми", 2017, 200 с.

İki cildlik "Naxçıvan ensiklopediyası"nın, Azərbaycan və İngilis dillərində nəşr olunmuş "Naxçıvan abidələri ensiklopediyası"nın, "Naxçıvan tarixi atlası"nın və 3 cildlik "Naxçıvan tarixi"nın əsas müəlliflərindən biri

2010-cu ildə 23 saylı Cəhri seçki dairəsindən Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinə deputat seçilmişdir.

2015-ci ildə 23 saylı Cəhri seçki dairəsindən Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinə deputat seçilmişdir.

2010–2015-ci illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin "Hüquq siyasəti və dövlət quruculuğu" məsələləri komitəsinin sədri olmuşdur. Hazırda həmin komitəyə rəhbərlik edir.

Azərbaycan Respublikasının "Əməkdar Elm Xadimi" elmi adını almışdır. Heydər Əliyevin anadan olmasının 90 illik yubileyi ilə buraxılmış Xatirə qızıl medalı ilə təltif olunmuşdur. AMEA Rəyasət Heyətinin fəxri fərmanına layiq görülmüşdür.