Məscid 1865-ci ildə usta Ağa Məhəmməd Qulu oğlu tərəfindən inşa edilmişdir. Məscid ilk vaxtlar kiçik bir təkyədən ibarət olmuşdur. 1904-cü ildə kənd sakini Hacı Səfəralı buranı genişləndirərək böyük bir məscid tikdirmişdir. Məscidə qərb tərəfdən birbərtəbəli mədrəsə bitişikdir. İbadətgahlara qarşı mübarizə Səfəralı məscidindən də yan keçməmiş, XX əsrin 30-cu illərində məscid bağlanmışdır. Məscidin binasından anbar kimi istifadə olunub.

Repressiyalara baxmayaraq, novxanılılar məscidin tam məhv edilməsinə icazə verməmiş, məscidin taxıl anbarına çevrilməsinə nail olmuşdurlar. 60 illik fasilədən sonra – 1988-ci ildə məscid kənd dindarları tərəfindən bərpa edilib istifadəyə verilmişdir.

Müstəqillik illərində məscid Abşeronun memarlıq ənənələrinə uyğun təmir edilmiş, əlavə olaraq iki minarə tikilmişdir. Məscidin ərazisi abadlaşdırılmış, dindarlara lazım olan bütün texniki məsələlər yüksək səviyyədə həll olunmuş, yenidənqurma işləri 2007-ci ildə başa çatdırılmışdır. Səfəralı məscid kompleksi memarlıq baxımından Abşeronda ən yaraşıqlı dini ocaqlardan biridir. Məsciddə fəaliyyət göstərən dini icma dövlət qeydiyyatından keçmişdir.