Hacı Məhəmməd ağa Hacı Əliabbas ağa oğlu Naxçıvani Təbriz şəhərində anadan olub. Ata-babaları vaxtilə Naxçıvandan Təbrizə köçmüşlər. Əsas işi ticarət olsa da, ömrü boyu öz vəsaiti hesabına fars, ərəb və türk dillərində nadir əlyazma və çap kitabları toplamış, bu məqsədlə böyük qardaşı Hüseyn Naxçıvani ilə birlikdə dəfələrlə Avropa, Asiya və Afrika ölkələrinə — Misirə, Türkiyəyə, Hindistana, Orta Asiyaya səfər etmiş, İranın müxtəlif şəhərlərini gəzmişdir. Onun 3692 əlyazma və çap kitabından ibarət kitabxanasındakı nadir incilər arasında "Quran"ın XII əsrə aid nadir nüsxəsi, Nizami Gəncəvi "Xəmsə"sinin 4 nüsxəsi (2-si XIV–XV əsrlərə aiddir), Mirzə Hüseyn Zünuzinin 8 hissədən ibarət "Riyaz ül-cənnə", ikicildlik "Bəhrül-ülum" əsərləri, Sadıq bəy Əfşarın külliyyatı, Əlişir Nəvainin 18 əsərdən ibarət külliyyatı, Abdulla Vafi Əhməd ibn Məhəmmədin "Məcməil-Fəsih ül-Xəvas", Ömər Xəyyamın müasiri olan məşhur riyaziyyatçı Əbdürrəhman Xazinin "Mizan ül-hikmət" kitabları vardır. O digər kitab həvəskarlarından fərqli olaraq, baha qiymətə aldığı nadir kitablarını təmənnasız olaraq tədqiqatçıların istifadəsinə verirdi. Buna görə də dünyanın hər yerindən şərqşünas alimlər onun yanına axışırdı. 1956-cı ildə Təbriz Milli Kitabxanası təşkil olunarkən kitablarından 500-nü həmin kitabxanaya bağışlamış, vəfatından sonra isə bütün kitabxanasının həmin kitabxanaya bağışlanmasını vəsiyyət etmişdir.

"Ərməğan", "Mahtab" və "Yəğma" jurnallarında onun məqalələrinə geniş yer verilib. Onun "Saib Təbrizi", "Əbu Əli Sinanın məzarı", "Sədrəddin Rəbii", "Setan sözünün şərhi", "Məazi Təbrizi", "Məhəmməd ibn Əlbəis və Azərbaycan dili" və digər əsərləri İranda geniş yayılıb. Ən böyük işlərindən biri də çoxsaylı əlyazmalara yazdığı qeyd və haşiyələrdir. Mədhuşun "Divan"ının əlyazmasının birinci səhifəsində yazdığı haşiyədə onun müəllifinin adının Molla Məhəmməd Sadiq və Mollabaşı Heydərqulu Mirzə olduğunu, əlyazmanın müəllifin özü tərəfindən yazıldığını qeyd edib və haşiyənin yazıldığı tarixi-1327 (1948) qoyub. Mənsur Həllacın əlyazma divanının bir səhifəsində M.Naxçıvani tərəfindən yazılmış haşiyədə əsərin sonunda Hicri-qəməri 922, 925 və 927 tarixlərinə rast gəlindiyi və onun təqribən Zəhirəddin Babur şahın vaxtında yazıldığı göstərilir. Sonradan bu qeyd və haşiyələrin nümunələrini Əziz Dövlətabadi toplayıb və çap etdirib. Bundan başqa, M.Naxçıvani Heyran xanım Dünbülünün "Divan"ını çap etdirib, "Xəmsəül-motəəhhedin"i türk dilinə, "Əzaye-Came"ni fars dilinə çevirib. Onun Azərbaycan ədəbiyyatına və mədəniyyətinə ən böyük xidmətlərindən biri də Əbu Mənsur Qətran Təbrizi və Saib Təbrizinin "Divan"larının elmi-tənqidi mətnini hazırlaması və çap etdirməsidir.

1920-ilin sentyabr ayının əvvəlində Təbrizə gedən Cəlil Məmmmədquluzadə Molla Nəsrəddin jurnalının çıxarılmasına vəsait toplamaq üçün "Ölülər" əsərini tamaşaya qoymaq üçün hazırlıq işləri görürdü. Əsərin tamaşaya qoyulması da çox asan olmadı. Bir tərəfdən Təbrizdə böyük nüfuz və səlahiyyətləri olan ruhanilər, digər tərəfdən hökmranlıq edən şah mütləqiyyəti bu tamaşanın oynanılmasının əleyhinə idi. Cəlil Məmmədquluzadənin böyük fəaliyyəti, Hacı Məhəmməd Naxçıvaninin köməkliyi ilə əsərin tamaşaya qoyulmasına icazə alındı. Hacı Məhəmməd Naxçıvani tamaşanın təhlükəsiz başa çatması üçün böyük səy göstərmişdir.

• Dünya müharibəsinin (1918–1919-cu illər) hərbi tarixi
• Tərbiyət kitabxanası və oxu zalı əlyazma və kitablarının kataloqu
• Göz yaşlarının leysan buludu
• Qətran Təbrizinin divanına müqəddimə
• Hacı Mirzə Cavad Müctehid
• Dar ağacından asılmış Seqətülislam
• Darsinin ləğvi
• Allahın köməyi və yaxınlığın fəthi
• Nizamiyyənin tarixi
• Əmadülzakirinin vəfatı
• Mirzə Mahmud Qənizadə Salmasinin xatirəsi
• Mirzə Əli Ləlinin həyatı

• Tərbiyət kitabxanası
• Təbriz Milli Kitabxanası