Naxçıvanda anadan olmuş Hacı Məhəmməd Nəqinin dəqiq doğum tarixi və ölüm tarixi məlum olmasa da XVI əsrin ikinci yarısı – XVII əsrin birinci yarısında Naxçıvanın Оrdubad bölgəsində yaşadığı ehtimal edilir. Atası Məşədi Hüseynəlidir.

Hacı Məhəmməd Nəqinin adı Ordubad bölgəsinin Dəstə kəndindəki "Meydan" məscidinin giriş qapısının baş tərəfində qoyulan kitabələrin məzmunundakı məlumat ilə elmi dövriyyəyə daxil edilmişdir. Həmin məscidin üzərində qalan birinci kitabəyə əsasən məlum olur ki, məscidin inşasını 1610–1611-ci ildə Əbdülxan Cavad oğlu əmr etmişdir. İkinci kitabənin məlumatından isə aydın olur ki, məscid elə həmin vaxt Fəxr ül-Hac Hacı Məhəmməd Nəqi tərəfindən inşa edilmişdir. Həmçinin ikinci kitabədə o da qeyd olunmuşdur ki, Dəstə kəndinin şərq tərəfində Tub Basar (Topasar) kövşənindən axan Vənəndçayın üzərində dövrümüzə qədər qalıqları gəlib çatmış və el arasında "Hacı Nağı körpüsü" adlanan körpü də Hacı Məhəmməd Nəqi tərəfindən inşa etmişdir.

Hacı Məhəmməd Nəqinin məscid və körpü inşa etməsi onun bir memar kimi çoxcəhətli yaradıcılığından xəbər verir və göstərir ki, о zəmanəsinin məşhur sənətkarı olmuşdur.