Doğum tarixi bilinmir. Babası IV Mehmed dönəminin baş həkimi yəhudi əsilli Mustafa Feyzi Əfəndi, atası isə müdərris Əhməd Əfəndidir. Mədrəsə təhsilini tamamladıqdan sonra müdərrislik ünvanı aldı və ailəsinin nüfuzu sayəsində sürətlə yüksəldi. Ardından Yenişəhər qazılığına gətirildi. 1734-cü ildə Ədirnə qazısı, qardaşı Mustafa Feyzi Əfəndinin təqaüdə ayrılmasının ardından 1736-cı ilin martında baş həkimliyə yüksəldi. Çox keçmədən 17 mart 1738-ci ildə Məkkə və İstanbul qazılığına gətirildi. 1739-cu ildə qazılıqdan alındı və 11 fevral 1740-cı ildə Rumeli qazəsgərliyinə yüksəldi. 29 avqust 1741-ci ildə vəzifə müddəti tamam oldu. Bir müddət dövlət vəzifələrindən uzaq qaldıqdan sonra 5 aprel 1746-cı ildə şeyxülislamlığa gətirildi. Çox qısa qaldığı bu vəzifə əsnasında Fransa yönümlü siyasət yürüdən Humbaracı Əhməd Paşanı dəstəklədi.

7 aya yaxın şeyxülislam olan Mehmed Əmin Əfəndi xəstəliyi səbəbilə fətva vəzifəsini yerinə gətirə bilməmiş, xüsusilə çox göstərişli həyat yaşamı və üləmaya qarşı sərt münasibətilə əleyhdarlarının sayını artırmışdı. Bu səbəblə 25 oktyabr 1746-cı ildə vəzifədən alındı və Bursaya sürgün edildi. Öz istəyilə və xələfi Zeynalabdin Əfəndinin təklifi ilə Məkkə qazısı təyin olunsa da, Dəməşq yaxınlığında səhhəti pisləşdi və istehfa etdi. Yenə xələfinin təklifiylə Bursada yaşaması üçün 1747-ci ilin sentyabrında xüsusi fərman yazıldı. Ancaq fərman ona çatmadan Dəməşqdə vəfat etdi. Baş həkimlikdən şeyxülislamlığa yüksələn ilk şəxs olaraq Osmanlı tarixində yer almışdır.

• İzzî, Târih, İstanbul 1199, vr. 55a-b, 172a-b;
• Devhatü’l-meşâyih, s. 84;
• Uzunçarşılı, Osmanlı Tarihi, IV/2, s. 208, 475;
• Danişmend, Kronoloji, V, 140.