Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti dövründə Azərbaycanın hərbi dəniz donanması da yaradıldı. Belə ki, 1919-cu ilin yayında ingilislər Bakını tərk edərkən şəhər limanının idarəçiliyini və hərbi gəmilərin bir hissəsini Azərbaycan hökumətinə təhvil verdilər. Bu gəmilərin əsasında Azərbaycan Xəzər hərbi dəniz donanması təşkil olundu. Azərbaycan hökumətinin bu tədbiri ölkənin dəniz sərhədlərinin qorunmasında mühüm addım oldu,

lakin bu addım general Denikinin başçılıq etdiyi Cənubi Rusiya Silahlı qüvvələrinin ("Könüllü ordu" da deyirdilər) kəskin etirazı ilə qarşılandı. Silahlı qüvvələrin hərbi dəniz donanmasının vitse-admiralı Gerasimovun Azərbaycan hökumətinə verdiyi notada Azərbaycan Xəzər hərbi-dəniz donanmasının ləğv edilməsi tələb edilirdi. Burada qeyd olunurdu ki, Xəzərdə hərbi donanma saxlamaq hüququ yalnız Rusiyaya məxsusdur.

Bu əsassız nota Azərbaycan Dövlət Müdafiə Komitəsində müzakirə edildi. Cənubi Rusiya Silahlı qüvvələri baş komandanlığına göndərilən cavab notasında bildirilirdi ki, Xəzərdə donanma saxlamaq hüququ Azərbaycan dövlətinin suveren hüququdur. Azərbaycanın limanları və ticarət gəmiləri vardır. Bu gəmilər Azərbaycan bayrağı altında üzəcəkdir. Azərbaycan hökumətinin qətiyyəti və göstərdiyi diplomatik səylər öz nəticəsini verdi. Denikin beynəlxalq ictimaiyyətin sərt reaksiyası ilə üzləşdiyindən öz iddialarından əl çəkdi. Azərbaycan hökumətinin Hərbi Nazirliyi hərbi donanmanın maddi-texniki bazasının gücləndirilməsinə diqqəti artırmışdı.

1919-cu ilin sonlarında general İbrahim ağa Usubovun başçılıq etdiyi Azərbaycan hərbi missiyası donanma üçün xaricdən 6 birtoplu qırıcı kater, 12 qırıcı kater, 6 sualtı qayıq, 92 gəmi topu, 10 sahil topu, simsiz teleqraf qurğuları və s. almışdı. Azərbaycan Hökuməti rus donanmasının admiralı, Şimal qütbünə ekspedisiyanın iştirakçısı, türk əsilli İslamovu milli donanmanın yaradılması işinə kömək göstərmək üçün 1919-cu ilin yayında Azərbaycana dəvət etmişdi. "Astrabad", "Qars" və "Ərdəhan" hərb gəmilərinin komandirliyi azərbaycanlı kapitanlara tapşırıldı. Hərbi donanmanın maddi-texniki bazasının və kadr təminatının gücləndirilməsi planları aprel işğalı nəticəsində həyata keçirilməmiş qaldı. Az sonra bolşeviklərin gəlişi ilə Azərbaycan hərbi donanması ləğv olundu. SSRİ dağıldıqdan sonra Azərbaycanda da hərbi-dəniz donanmasının təşkilinə şərait yarandı.

1992-ci il aprelin 7-də Azərbaycan Respublikası Hərbi-Dəniz Qüvvələri Qərargahı, mühafizə və təminat rotası yaradıldı. Xəzər Hərbi-dəniz donanmasının 25%-i və Ali Hərbi Dənizçilik məktəbi Azərbaycan Respublikasının ixtiyarına verildi.

1992-ci il iyunun 26-da "Bakılı" keşikçi gəmisində Azərbaycan Respublikasının dövlət bayrağı qaldırıldı. 1996-cı ildə Ali Hərbi Dənizçilik Məktəbi əsasında Dəniz Akademiyası təşkil olundu. Azərbaycan Prezidenti H. Əliyevin fərmanına əsasən hər il avqustun 5-i Azərbaycan Respublikası Hərbi Donanma Günü kimi qeyd olunur.