Hənifə Məmmədağa oğlu Abdullayev 7 fevral 1923-cü ildə Lənkəran şəhərində anadan olmuşdur. 1942-ci ildə Lənkəran şəhər orta məktəbini bitirmişdir. 1943-cü ildə Bakıya gələrək Azərbaycan Sənaye İnstitutunun Avtomobil yolları fakültəsinə qəbul olunmuş, lakin iki ay sonra təhsilini yarımçıq qoyaraq yenidən Lənkərana qayıtmışdır. Daha sonra Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun Sanitariya fakültəsinə qəbul olaraq iki il burada oxumuşdur.

1946-cı ildə təhsilini İkinci Moskva Tibb İnstitutunda davam etdirmək üçün Moskvaya gedən Hənifə Abdullayev 1949-cu ildə buranı əla qiymətlərlə bitirərək və SSRİ Səhiyyə Nazirliyinin "Lenin" ordenli Mərkəzi Hemotologiya və Qanköçürmə İnstitutunun Cərrahiyyə Klinikasında ordinator təyin edilmişdir. 1952-ci ildən 1955-ci ilədək aspirantura təhsili almış, əvvəlcə kiçik, sonra isə baş elmi işçi vəzifələrində işləmişdir. Daha sonra Mərkəzi Hematologiya və Qanköçürmə İnstitutunda elm və tədrisin planlaşdırılması şöbəsinin rəhbəri olmuşdur. 1957-ci ildə "Yeni üsulla stabilizatorsuz hazırlanmış qanın klinika şəraitində öyrənilməsi" mövzusunda namizədlik dissertasiyasını müdafiə etmişdir.

1967-ci ildə Hənifə Abdullayev Azərbaycanda işləməyə dəvət edilmiş, Əziz Əliyev adına Azərbaycan Dövlət Həkimləri Təkmilləşdirmə İnstitutunda yenicə təşkil olunmuş Hematologiya və qanköçürmə kafedrası müdiri vəzifəsinə seçilmişdir. Həmin il "Hemofilin klinik müalicəsi" mövzusunda doktorluq dissertasiyasını müdafiə etmiş, bir il sonra, 1968-ci ildə ona Ali Attestasiya Komissiyası tərəfindən professor elmi adı verilmişdir.

Hənifə Abdullayev 1970-ci ildə Azərbaycan SSR səhiyyə naziri vəzifəsinə irəli çəkilmiş və bu vəzifədə 1979-cu ilədək çalışmışdır. 1979-cu ildən həyatının sonunadək Azərbaycan Həkimləri Təkmilləşdirmə İnstitutunun Hematologiya kafedrasına rəhbərlik etmişdir.

Hənifə Abdullayev 1969-cu ildən Ümumdünya Hemofiliya Assosiasiyasının üzvü olmuş, ABŞ, Almaniya, Türkiyə, İran, Fransa, Çexoslovakiya və başqa ölkələrdə keçirilmiş tibbı konfranslarda hemofiliya və talassemiya məsələlərinə dair elmi mühazirələr oxumuşdur. Hənifə Abdullayev çoxsaylı elmi əsərin və monoqrafiyanın müəllifi olmuşdur. Onun "Hemofiliya" (1973) kitabı ittifaqın səhiyyə orqanlarında, tibb institutlarında maraqla qarşılanmışdır.

Hənifə Abdullayev 1952-ci ildən Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının üzvü olmuş, Azərbaycan SSR Ali Sovetinin VII, VIII və IX çağırış deputatı seçilmişdir. Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin üzvü olmuşdur. "Qırmızı əmək bayrağı", "Şərəf nişanı" ordenləri, bir sıra medallar, eləcə də Yunanıstanın Qırmızı Xaç Cəmiyyətinin "Qızıl xaç" ordeni ilə təltif edilmişdir.

Hənifə Abdullayev 14 mart 1991-ci ildə vəfat etmişdir. Lənkəran şəhərindəki küçələrdən birinə onun adı verilmişdir.