Uzunluğu 113 km (Şəlvəçayın mənbəyindən hesablandıqda 155 km), hövzəsinin sahəsi 2570 km²-dir. Kiçik Qafqazın Azərbaycan daxilində Tərtərçaydan sonra (Bazarçayla birlikdə) ikinci böyük çayıdır. Başlanğıcını Mıxtökən silsiləsinin cənub yamacından, Şiştəpə zirvəsindən 3,5 km şərqdə 2580 m yüksəklikdən alan Şəlvəçay və Hocazsuçay çaylarının qovuşmasından (950 m) əmələ gəlir, Zəngilan rayonunda Araz çayına birləşir. Başlıca qolları, sağdan Hocazsuçay (uzunluğu 43 km), Zabuxçay (uzunluğu 51 km), Ağsuçay (uzunluğu 25 km), soldan Şəlvəçay (uzunluğu 42 km), Piçənisçay (uzunluğu 29 km), Xoznavar (uzunluğu 14 km) çaylarıdır. Axımı qar (23%), yağış (1-5%) və yeraltı (62%) sulardan əmələ gəlir. Yaz-yay aylarında qar suları çayda daşqın əmələ gətirir. Daşqın dövründə (aprel-iyun aylarında) illik axımının 60-70%-i keçir. Çayda ən az su sərfi qış aylarında müşahidə edilir.

Çayın orta illik su sərfi (Abdallar kəndi yanında) 16,2 m³/san-dir. Zabuxçay, Ağsuçay və digər qolların birləşməsindən sonra (Güləbird kəndinin qarşısında) 22,7 m³/san-dir. Bunun da 70%-i yaz və yay, 30%-i isə payız və qış fəsillərində keçir. İntensiv suvarma dövründə (iyul-avqust aylarında) illik axımının 14-16%-i axıdılır. Suyu hidrokarbonatlı-kalsiumlu olmaqla orta minerallaşması 200 mq/l-dir.

Həkəri çayı öz axarı boyunca Hoçaz kəndindən axan Hocazsuçayı və Zabux çayını qəbul edərək zənginləşir, Bərgüşad çayı ilə birləşdikdən sonra, Araza tökülür.

Bəzi gümanlara görə, "Həkəri" sözü kürd dilli adı ilə bağlıdır. Məşhur Sarı aşığın qəbri Həkəri çayının sağ sahilində Güləbird kəndində, onun sevgilisi Yaxşının qəbri isə sol sahilindədir Ancaq əslində isə üzərində üç SES tikilmiş, yuxarı axarında Şəlvəçay (eyniadlı kəndin adından) adlanlılan və keçmiş adı Alban (Ağvan) olmuşdur. IX-XII əsrlərə aid ərəb mənbələrində Arran-çay adlanır və Araza töküldüyü göstərilir. Əkərə də adlanır. Görünür, sonralar kürddilli həkəri tayfasının ətraf ərazidə məskunlaşması ilə əlaqədar tədricən həmin tayfanın adı ilə tanınmağa başlamışdır.

Həkərinin suyundan suvarma işlərində və energetikada geniş istifadə edilir. Həkəri çayının bol sularında iri qızıl balıq olur.

• Azərbaycan çayları