Hüseyn bəy Nəbibəyov 1892-ci ildə Azərbaycanın Şəki şəhərində bəy ailəsində anadan olub. Şəkidə Rus-Tatar məktəbində bir müddt oxuduqdan sonra təhsilini Kutaisi Realnı məktəbində davam etdirib. Sonra Sankt-Peterburqdakı Konstantin artilleriya məktəbini birinci dərəcəli diplomla başa vurub. Böyük qardaşı Bəhram bəy Nəbibəyovun komandiri olduğu Qafqaz iyirminci artilleriya briqadasında podporuçik kimi hərbi xidmətə başlayıb. Hüseyn bəy 1914-cü ildə poruçik, 1916-cı ildə ştabs-kapitan rütbəsinə layiq görülüb. 1918-ci ildə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Ordusunda podpolkovnik rütbəsi ilə yüksək vəzifədə çalışıb. Bir müddət Bakı hərbi dairəsi məhkəməsinin hakimi olub. Hakim işlədiyi dövrdə Cümhuriyyətin hərbi naziri, atilleriya generalı Səməd bəy Mehmandarova sui qəsd edən dəstənin məhkəmə işini aparan Hüseyn bəy cinayətkarların layiqli cəzalandrılmasına nail olmuşdur. 1920-ci ildə polkovnik rütbəsi almışdır. Sovet hakimiyyəti qurulduqdan sonra hərbi fəaliyyətini davam etdirmiş və Azərbaycanda yaradılmış hərbi komandirlər məktəbində 1921-1926-cı illərdə müəllimlik etmişdir. 1926-cı ildə Şəkiyə köçmüş Hüseyn bəyin təşəbbüsü ilə bir neçə məktəbdə hərbi hazırlıq fənni tədris edilməyə başlanmış və özü məktəblərin biridə hərbi rəhbər işləmişdir. 1930-cu ildə baş vermiş Şəki üsyanı bolşeviklər tərəfindən amansızcasına yatırldıqdan və üsyanın hərbi rəhbəri, Hüseyn bəyin böyük qardaşı Bəhram bəy öldürüldükdən sonra Hüseyn bəy həbs olunmuş və sonrakı taleyindən heç bir məlumat olmamışdır. Ailəsinə şifahi, telefon vasitəsilə verilmiş məlumatda 1931-ci ildə vəfat etdiyi bildirilib.