1926-cı ildə Azərbaycanın tədqiq olunması və öyrənilməsi cəmiyyəti yaradılmışdır (geologiya və geofizika sahəsində tədqiqatlar daxil olmaqla).

1932-ci ildə bu cəmiyyətin bazasında SSRİ Elmlər Akademiyasının Zaqafqaziya filialının Azərbaycan şöbəsi (EAZDAzŞ) təşkil edilmişdir.

1935-ci ildə EAZFAzŞ bir sıra institutlar ilə və o cümlədən Geologiya sektoru ilə birlikdə SSRİ-in Elmlər Akademiyasının Azərbaycan filialına çevrilmişdir.

1938-ci ildə Azərbaycanın görkəmli alimləri — Ş.A.Əzizbəyov, M.A.Qaşqay, Ə.A.Yaqubovun təklifi və SSRİ EA-nın yardımı ilə müstəqil elmi-tədqiqat idarəsinə — Geologiya İnstitutuna çevrilmişdir (Geologiya İnstitutunun təşkil edilməsinin rəsmi tarixi).

2003-cü ildə Geologiya İnstitutu və Dərin neftqaz yataqları problemləri institutunun (DNQYPİ) bazasında Azərbaycan MEA Geologiya İnstitutu yaradıldı.

2014-cü ildə Azərbaycan Respublikasının Nazirlər Kabinetinin qərarı ilə Geologiya İnstitutu Geologiya və Geofizika İnstitutu adlandırıldı.

İnstitutun yaranması və inkişaf Azərbaycanda neft və qaz sənayesinin sürətli inkişafı ilə eyni vaxta düşdü. İnstitutun qurulmasında və inkişafında məşhur rus alimləri İ.M.Qubkin, D.B.Qolubyatnikov, Vladimir Boqaçyov, N.B.Vasseviç, V.V.Veber, A.V.Vinaqradov, S.A.Kovalevskiy, D.V.Nalivkin, E.F.Savarenskiy, J.V.Rizniçenko, M.A.Sadovskiy, Vladimir Tixomirov, B.S.Sokolov, Viktor Xain və s. böyük rolu olub.

Yarandığı müddətdən indiyə qədər İnstituta: professor Məmməd Ağabəyov (1938–1943), akademik Qambay Əlizadə (1943–1945), akademik Əzəl Sultanov (1945–1949;1958–1970), Azərbaycan EA müxbir üzvü Əbdül Əliyev (1949–1951), g.-m.e.n. A.S.Bayramov (1951–1954), akademik Şəfayət Mehdiyev (1954–1958), professor Ənvər Əlixanov (1970–1976) rəhbərlik etmişlər. 1976-cı ildən İnstituta akademik Akif Əlizadə rəhbərlik edir.

Geologiya və Geofizika İnstitutu mövcud olduğu illərdə respublika ərazisinin geoloji quruluşunun öyrənilməsi, Azərbaycanın mineral-xammal bazasının yaradılması və möhkəmləndirilməsi üzrə fundamental və tətbiqi məsələlərin həyata keçirilməsində başlıca rol oynayan elmi-geoloji fikir mərkəzinə çevrilmişdir.

1. Neft və qazın geologiyası və geokimyası
2. Petrologiya və Metallogeniya
3. Regional geologiya
4. Yer fizikası
5. Neft və qaz yataqlarının işlənilməsinin nəzəriyyəsi və praktikası

• Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası