Böyük Vətən müharibəsi dönəmində aviabaza ehtiyat qırıcı polkunun təlim düşərgəsi rolunu oynayırdı. 1942-ci ilin yanvarından 1946-cı ilə qədər olan dövrdə Hərbi Hava Qüvvələrinin 4-cü ehtiyat aviasiya briqadasının 11-ci ehtiyat qırıcı aviasiya alayı aerodromda yerləşirdi. 1945-ci ilin dekabrından 1953-cü ilin sentyabrına qədər burada 761-ci qırıcı aviasiya polku yerləşirdi. Bu alay yenidən cəbhə üçün 23-dən çox döyüş alayı hazırladı və təşkil etdi. Yeni alayların pilotları burada Petlyakov Pe-2, Republic P-47 Thunderbolt, North American B-25 Mitchell və digər təyyarələrdə təlim keçirdilər.

İlk dəfə 1948-ci ildə Gəncədə (Kirovabadda) aeroportun tikilişinə başlanılmış, 1951-ci ildə sona çatıb istifadəyə verilmişdir. Bu aeroport süni örtüklü uçuş-enmə zolaqları ilə təchiz olunmuşdu və reaktiv təyyarələrini qəbul etmək imkanına malik idi. 1945-ci ilin dekabrından 1963-cü ilə qədər burada 259-cu qırıcı aviasiya polku dislokasiya olunurdu. Sonrakı illərdə burada 36-cı bombardmançı aviasiya polku yerləşdirilir. Burada Su-24 , , MiQ-15 və MiQ-17 hərbi təyyarələri yerləşdirilmişdi. SSRİ-nin dağılmasının elanından bir gün sonra, 26 dekabr 1991-ci ildə Sovet ordusunun hərbi birlikləri Gəncə aviabazasını tərk edirlər.

Azərbaycan respublikası nazirlər kabinetinin qərarı ilə 1996-cı ildə beynəlxalq status almış Gəncə Beynəlxalq Hava Limanının güc əmsalı, təklif etdiyi xidmətlərin səviyyəsi obyektiv səbəblər üzərindən dünya mülki aviasiyasının daim təzələnən təzələnən tələblərinə cavab vermirdi. Aeroportun 1964-cü ildən istismar olunan uçuş-eniş zolağı yalnız orta tipli və hərbi təyyarələri qəbul edə bilirdi. Buna görə Gəncə Hava Limanı 2006-cı ildə yenidən tikilmiş və həmin ildə Beynəlxalq Hava Limanı statusunu qazanmışdır. Yenidənqurma işlərində 1500 nəfər çalışmışdır. Sovet dövründə qurulmuş bütün avadanlıq tamamilə yeniləşdirilmişdir. Hava limanının UBBG, isə KVD-dir. Hava limanında 1 saat ərzində 300 sərnişinə xidmət göstərmək imkanı vardır. Gəncə aeroportunda 2005-ci ildən başlanan yenidənqurma işlərinə 40 milyon dollara yaxın vəsait ayrılıb. Mütəxəssislər Gəncə beynəlxalq hava limanının rentabelli olması üçün aeroportun daha çox tranzit kimi istifadə edilməsini məqbul hesab edirlər. 2007-ci il aprelin 6-da Gəncə Beynəlxalq Hava Limanı Honkonq-Budapeşt marşrutu ilə uçan 400 tonluq yük təyyarəsini qəbul edib. Bu, Gəncə aeroportunun qəbul etdiyi beynəlxalq marşrutla uçan ilk təyyarə oldu.

2020-ci ildə İkinci Qarabağ müharibəsi başlanmazdan öncə Azərbaycan və Türkiyə ordularının birlikdə keçirdikləri hərbi təlimlər zamanı Türkiyə Hərbi Hava Qüvvələrinə məxsus 6 ədəd F-16 qırıcı təyyarələri 31 iyulda Gəncə Beynəlxalq Hava Limanına eniş edərək təlimlərdə iştirak etdilər. Təyyarələr təlimlər bitdikdən sonra da Gəncədə qalmış, İkinci Qarabağ müharibəsi zamanı Gəncə şəhəri Ermənistan ordusu tərəfindən aktiv şəkildə raket və artilleriya hücumuna məruz qaldığı üçün cəbhədən daha aralı olan Qəbələ Beynəlxalq Hava Limanına köçürülmüşdülər. Prezident İlham Əliyev xalqa müraciətində həmin təyyarələrin Azərbaycanda olmasını təsdiqləsə də, onların Qarabağdakı hərbi əməliyyatlarda iştirak etmədiyini bildirib, əgər müharibəyə hansısa üçüncü tərəfin müdaxilə edəcəyi təqdirdə F-16 təyyarələrinin Azərbaycanı qoruyacağını deyib. Bəzi iddialara görə İkinci Qarabağ müharibəsi zamanı Azərbaycan ordusunun pilotsuz təyyarələrinin idarəetmə mərkəzi Gəncə Hava Limanında yerləşirdi.

12 avqust 2021-ci ildə Azərbaycan Hava Yollarının yaydığı məlumata görə, 10 sentyabr 2021-ci ildən etibarən Gəncə Beynəlxalq Hava Limanın IATA kodu "KVD"-dən "GNJ"-ə dəyişildi.

Aeroportun ümumi sahəsi 15 min kvadrat metrdən çoxdur. Beynəlxalq mülki Aviasiya Təşkilatının tələblərinə cavab verən yeni 3 mərtəbəbəli aerovağzal binası saatda 300 sərnişinə xidmət gösrərir. Bu aerovağzal yeni texnoloji avadanlıqlarla, aviabiletlərin qeydiyatı, gömrük və sərhəd xidməti nəzarət postları ilə təmin edilib. Uzunluğu 3300 metr olan yeni uçuş-enmə zolağı ağır tipli təyyarələri qəbul etməyə imkan verir. Uzunluğu 2490 metr olan digər beton uçuş enmə zolağı isə illərdir ki, istifadə edilmir və lazımi naviqasiya avadanlıqları ilə təchiz edilməyib. Aeroportun bəzən hərbi təyyarələr tərəfindən də istifadə edilməsi bu uçuş-enmə zolağının da yenidən qurulmasını zəruri edir. Buradan həm də Avropa və Asiyaya uçuşları həyata keçirən Azərbaycanın və xarici dövlətlərin aviaşirkətlərinin təyyarələri üçün tranzit ehtiyat hava limanı kimi də istifadə ediləcəkdir. aerobusları və təyyarələri ilə Moskva, Sankt-Peterburq, Kiyev, Bakı, Naxçıvan, Təbriz, Qars, Rostov, Volqoqrad və Mineralnıye-Vodı şəhərlərinə uçuşların təşkili nəzərdə tutulmuşdur. Zəruri hallarda İl-76 və AN-12 təyyarələri ilə yükdaşımalar da həyata keçiriləcəkdir. Azərbaycanda fəaliyyət göstərən xarici aviaşirkətlərə Gəncə hava limanından müxtəlif reyslər təklif olunacaqdır. Hava limanında 200 daimi işçi çalışır. Yenidənqurma zamanı aeroportda 2 min kvadratmetr olan yük terminalı, sahəsi 100 min kvadratmetr olan yeni asfalt-beton örtüklü perron, 80 min kvadratmetr sahədə yönəldici yol, aeroportun perimetri boyu 20 kilometr mühafizə hasarı, nəzarət-buraxılış məntəqələri, transformator stansiyası, yanacaqdoldurma məntəqəsi, yanğınsöndürmə binası və başqa mühüm obyektlər inşa olunmuşdur. Aerodrom ərazisində 400 min kvadratmetr sahədə asfalt-beton döşənmişdir. Aerovağzaldan Gəncə – Qazax magistralına qədər uzunluğu 3 kilometr, sahəsi isə 55 min kvadratmetr asfalt-beton yolun tikintisi tamamlanmışdır.

• 25 yanvar 1965-ci ildə hərbi-təlim, desant təyyarəsi gecə desant endirmə uçuşu apardıqdan sonra aerodroma qayıdan zaman qəzaya uğramışdır. Təyyarənin qəzaya uğramasına səbəb pilotların enmə zamanı səhvə yol verməsi olub. Nəticədə 6 nəfər heyət üzvünün hamısı həlak olmuşdur. Həlak olan heyət üzvləri Vladimir Putin, Ayk Minalyan, Yevgeni Çetkov, Nikolay Balaba, Boris Semyonov və Vladimir Çuçelov.
• 18 mart 1989-cu ildə Gəncə aerodromundan uçuşa başlayan qırıcı təyyarəsi gecə uçuşu zamanı dağa çırpılmışdır. Nəticədə iki nəfər heyət üzvü (ekipaj komandiri kapitan Savin S. və naviqator podpolkovnik Malaşkin) həlak oldu. Qəzaya səbəb hündürlükdə yüksəkliyin oxunmasında xəta olmuşdur.
• 12 oktyabr 1989-cu ildə hava limanında dayanacağa durmaq istəyən qırıcı təyyarəsinin pilotu səhvən burada yanacaq dolduran yük təyyarəsi ilə toqquşmuşdur. Toqquşma nəticəsində hər iki təyyarə yanaraq məhv olmuş, qırıcı təyyarənin pilotu, yük təyyarəsinin 4 nəfər heyət üzvü ilə birlikdə və aerodromda xidmət edən 2 rus hərbçisi həlak olmuşlar.
• 15 may 1997-ci ildə təyyarəsində təlim keçən Milli Aviasiya Akademiyasının yeni məzunları Gəncə Hava Limanından uçuş həyata keçirərkən uçuş enmə zolağından 176 metr kənarda yerə çırpılaraq partlamışdır. Təyyarənin içində olan 6 ekipaj üzvünün hamısı həlak olmuşdur. Qəzanın səbəblərini araşdıran komissiya təyyarənin oksigen çəninə iki avtomat gülləsinin dəydiyini təyin edib. Güllələrin oksigen çəninə dəyməsi təyyarədə yanğına səbəb olmuş və təyyarədə idarəni itirərək yerə çırpılmışdır. Məlum olmuşdur ki, təyyarənin uçuş həyata keçirdiyi yerin yaxınlığında Azərbaycan Milli Ordusunun atış təlimi həyata keçirdiyi poliqon yerləşir və poliqondan atəş hazırlığından qayıdan əsgərlər əylənmək məqsədilə yol kənarındakı nişanlara atəş açırdılar. Bu zaman əsgərlərdən biri yaxınlıqda uçan təyyarəyə doğru atəş açmış və güllələrin ikisi təyyarəyə dəyməklə onun qəzaya uğramasına səbəb olmuşdur.

• Gəncə qəzası (1989)
• An-8 qəzası (1965)