Mağara 1950-ci ildə 15 yaşlı bir oğlan tərəfindən təsadüfən kəşf edilmişdir. Oğlanın Sapporoda yerləşən bir liseyin yerli tarix klubunun üzvü olan böyük qardaşı bunu öyrəndikdən sonra müəllimlərini və dostlarını mağaraya gətirmişdir. Onlar mağarada bir çox qədim dulusçuluq məmulatı kəşf etmişdirlər. Arxeoloqlar 1951–1953-cü illərdə mağarada araşdırma işləri aparmış və mağara divarlarında petroqliflər aşkar etmişdirlər.

Mağara 1953-cü ildə Yaponiyanın Tarixi Yeri statusu almışdır. 1972-ci ildən etibarən Fuqoppe mağarası böyük bir kapsula-tikilinin içərisində mühafizə olunur və muzey kimi fəaliyyət göstərir.

Mağarada 800-dən çox petroqlif kəşf edilmişdir. Qayıq, balıq, dəniz, məməli, qanadlı və buynuzlu şəxs təsvirlərindən ibarət olan Fuqoppe petroqlifləri V–VII əsrlərdə Hokkaydo adasında mövcud olmuş Epi-Comon mədəniyyətinə aid edilir. Bu petroqliflərin Yaponiyada itmiş qədim yazı sisteminin – bir hissəsi olduğu iddia edilsə də, bir çox arxeoloqa görə əslində bu petroqliflər sadəcə olaraq şamanizm mərasimlərinin təsvirlərindən ibarətdir. Bəziləri bu petroqlifləri aşkarlanmış petroqliflərlə müqayisə edir və qədim Oxot mədəniyyətinə aid edirlər.