Fuad Əfəndiyev 23 fevral 1909-cu ildə Tiflis quberniyasının Axaltsix qəzasının Atsxuri kəndində anadan olub. Ali təhsilini Bakı Dövlət Universitetinin Tibb fakültəsində alaraq 1928-ci ildə həmin universiteti bitirib.

Fuad Əfəndiyev 1944–1963-cü illərdə Azərbaycan Tibb Universitetinin İkinci fakültativ cərrahiyyə kafedrasının müdiri vəzifəsini icra edib. 1960-cı ildə Elmi Tədqiqat Hematologiya və Qanköçürmə İnstitutu direktorunun müavini, Respublika Qanköçürmə stansiyasının direktoru, Elmi Tədqiqat Vərəm İnstitutunun Ağciyər cərrahiyyəsi şöbəsinin müdiri olub.

1943–1952 Azərbaycan SSR Səhiyyə Nazirliyinin baş cərrahı olan Əfəndiyev 1946–1963-cü illərdə Dördüncü Baş İdarənin Cərrahiyyə şöbəsinin müdiri vəzifəsində çalışıb. O, iki dəfə Bakı Şəhər Sovetinin, Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin IV çağırış deputatı seçilib.

• Beynəlxalq Cərrahlar Assosiasiyasının üzvü;
• Hematoloqların Beynəlxalq Cəmiyyətinin üzvü;

Fuad Əfəndiyevin elmi fəaliyyətinin əsas istiqamətini döş qəfəsi xəstəliklərinin müalicəsi və cərrahlığı, hematologiya, qanköçürmə, qanın laxtalanması problemlərinin tədqiqi təşkil edib. O, döş qəfəsi cərrahiyyəsi, ürək cərrahlığı və qanköçürmə sahəsində beynəlxalq miqyasda tanınan alimlərdən biri olub. Habelə alim ağciyər vərəminin cərrahi müalicəsi, plevranın empiyeması, ağciyərlərin irinli iltihabı proseslərinin müalicəsi ilə məşğul olub.

Fuad Əfəndiyevin rəhbərliyi altında Azərbaycanda ilk dəfə ürək cərrahiyyəsinin, cərrahi hematologiyanın, anesteziologiyanın, eksperimental cərrahiyyənin əsası qoyulub və sonralar bu sahələr ayrı-ayrı elmi tədqiqat institutları kimi inkişaf etdirilib. Onun tərəfindən plevra boşluğunda qanın infeksiyalaşmasını asanlıqla təyin etməyə imkan verən orijinal üsul təklif edilmişdir. Bu üsul SSRİ-də və beynəlxalq miqyasda "Əfəndiyev sınağı" kimi tanınır. Bununla bərabər, Əfəndiyev ağciyər əməliyyatlarını asanlaşdırmaq üçün xüsusi alət və aparatlar yaradıb, hematoraksin ekspres üsulla müalicəsinin mümkün olduğunu göstərib.

Fuad Əfəndiyev 1934-cü ildə fəlsəfə doktoru, 1942-ci ildə isə tibb elmləri doktoru elmi dərəcəsini alıb. Professor elmi adına layiq görülən Əfəndiyev 1959-cu ildə Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü seçilib. Alim 200-dən çox elmi əsərin, 3 monoqrafiyanın, dərslik və dərs vəsaitlərinin, elmi-metodik göstərişlərin, ixtira və səmərələşdirici təkliflərin müəllifi olub. Onun rəhbərliyi altında 9 elmlər, 14 fəlsəfə doktorluğu dissertasiyası müdafiə edilib.

Fuad Əfəndiyev 20 sentyabr 1963-cü ildə Bakı şəhərində vəfat edib.

Fuad Əfəndiyev Əməkdar həkim, Əməkdar elm xadimi fəxri adlarına layiq görülüb. Habelə "Qırmızı ulduz", "Qırmızı əmək bayrağı" ordenləri, "Qafqazın müdafiəsi uğrunda", "1941–1945-ci illərdə Böyük Vətən müharibəsində fədakar əməyə görə" medalları, "SSRİ Səhiyyə Əlaçısı" və "SSRİ Sanitar Müdafiə Əlaçısı" döş nişanları ilə təltif edilib.

Fuad Əfəndiyevin monoqrafiya şəklində dərc olunan elmlər doktorluğu dissertasiyası, o cümlədən böyük nəzəri və praktiki əhəmiyyətə malik olan hematorakslar zamanı təklif etdiyi "ekspress" metod SSRİ Tibb Elmləri Akademiyası tərəfindən 1949-cu ildə "Akademik N. N. Burdenko adına mükafata" layiq görülüb.