Frankfortun öz adını 1780-ci illərdə baş verən hadisələrdən aldığı güman edilir. Hindular Kentukki çayında keçidi keçən bir qrup ağ kolonistlərə hücum etdilər. Hücum dəf edildi, lakin pionerlərdən biri Stiven Frank öldü. Bu yer onun şərəfinə "Frank's Ford" adlandırıldı. Bu ad sonradan Frankfort olaraq qısaldıldı.

1786-cı ildə Ceyms Uilkinson (o illərin tanınmış hərbi və siyasi xadimi, ispan agenti) Kentukki çayının şimal tərəfində 260 akr torpaq aldı, hazırda bu sahə şəhərin biznes mərkəzidir. Uilkinson, 1792-ci ilin iyununda şəhərə çevrilən Kentukki paytaxtının seçilməsində Frankfortun baş lobbiçisi idi.

zamanı Frankfort bir müddət cənubluların əlində idi. 1862-ci ilin oktyabrında Kentukki ştatının ikinci Konfederasiya qubernatoru Riçard Housun andiçmə mərasimi zamanı şəhər qəfildən şimallıların üstün qüvvələrinin hücumuna məruz qaldı və cənubluları geri çəkilməyə məcbur etdi. Müharibənin sonuna qədər Frankfort Şimala nəzarət etdi. 1863-cü ildə şəhəri qorumaq üçün Fort Hill tikilmişdir.

1960-cı illərdə Frankfort qısa bir inkişaf dövrü yaşadı, şəhərdə bir neçə müasir ofis və ictimai bina tikildi, lakin 1970-ci illərin ortalarından etibarən adi sakit və dinc mövcudluğuna qayıtdı.