Şəhərin əsası təqribən e.ə. 543 ildə Əhəməni hökmdarı II Kirin İoniyanı işğalı zamanı Teos şəhərini tərk etmiş əhali tərəfindən qoyulmuş, onların başçısı Fanaqorun adı ilə adlandırılmışdır. E.ə. V əsrin sonlarından Bospor dövlətinin tərkibində ikinci paytaxt, "Asiya" hissəsinin əsas şəhəri idi. Çiçəklənməsi e.ə. IV əsrə təsadüf edir. E.ə. IV–I əsrlərdə burada sikkə zərb edilirdi. E.ə. II əsrin sonunda Pont çarlığı tərəfindən işğal olunmuşdur; e.ə. 63-cü ildə VI Mitridat Evpatora qarşı üsyanın mərkəzi olmuş, e.ə. I əsrin ortalarında onun oğlu tərəfindən dağıntılara məruz qalsa da, tezliklə bərpa edilmişdir. Təqribən e.ə. 17–12 illərdə Roma imperatoru Oktavian Avqustun kürəkəninin şərəfinə müvəqqəti Aqrippiya adlandırılmışdır. Son antik dövrdə Fanaqoriyanın sahəsi azalmış; eramızın VI əsrinin ikinci rübündə şəhər dağıdılmışdır. VII əsrdə yenidən dirçəlmiş Fanaqoriya bulqar xanı Kubratın yaratdığı Böyük Bulqarıstan dövlətinin paytaxtı idi. Bundan sonra Bizansın, ardınca isə Xəzər xaqanlığının tərkibinə qatılmışdır. Təqribən 704-cü ildə devrilmiş Bizans imperatoru Fanaqoriyaya sığınmışdır. Təqribən X əsrin əvvəllərində sakinləri tərəfindən tərk edilmişdir.

Şəhəri ümumi sahəsi təqribən 60 ha-dır, lakin bunun üçdə biri su altındadır. XVIII əsrin sonlarından, müntəzəm surətdə 1936-cı ildən ildən 1940-ci ilədək V. D. Blavatski, və 1947-cı ildən M. M. Kobılina, 1975-ci ildən V. S. Dolqorukov, 1993-cü ildən isə V. D. Kuznetsov tərəfindən arxeoloji qazıntılar aparılmışdır. Şəhərin ən qədim şimal rayonu və limanı su altında qalmışdır. 1958–1959-cü illərdə aparılan sualtı qazıntılar nəticəsində aşkar olunmuşdur.

Yunanlar, sindlər, meotlar və sarmatlardan təşkil olunan şəhər əhalisi əkinçilik, heyvandarlıq, balıqçılıq, üzümçülük, sənətkarlıq və ticarətlə məşğul idi. Fanaqoriyada qala divarlarının özülləri, yaşayış məhəllələrinin qalıqları (məsələn, e.ə. II əsrin sonuna aid naxışlı suvaq çəkilmiş ev), e.ə. IV əsrə aid gimnasi, termalar, eramızın I əsrinə aid quyular, cənub-şərq hissəsində "Keramik" adlı dulusçular rayonu (dulus sobaları, keramika) aşkar edilmişdir. Qazıntılar zamanı yunan kitabələri, on minlərlə sikkə, o cümlədən dəfinələr, mərmər heykəllərin fraqmentləri, keramika və metal plastikalar, qabarıq başdaşılar, sarkofaqlar və onların mərmərdən, sərv ağacından, kirəcdən, gildən olan hissələri, zərgərlik məmulatları və s. tapılmışdır. Fanaqoriyanın yaxınlığında torpaq qəbirlərdən və kurqanlardan ibarət nekropol yerləşir. Nekropolun sahəsi təqribən 900 ha-dır və 1964–1965-ci illərdə tədqiq edilmişdir. Qonşuluqdakı sönmüş palçıq vulkanının üzərində məbədgah qalıqları aşkarlanmışdır. 2014-cü ildə Fanaqoriya Tarix-Arxeologiya Muzey-Qoruğu yaradılmışdır.

• Morgan, Catherine. Tsetskhladze, Gocha R. (redaktor). Attic Fine Pottery of the Archaic to Hellenistic Periods in Phanagoria. Phanagoria Studies. 1. Leiden: Brill. 2004. ISBN 9789004138889.
• Tsetskhladze, Gocha R. A Survey of the Major Urban Settlements in the Kimmerian Bosporos (With a Discussion of Their Status as Poleis) // Nielsen, Thomas Heine (redaktor). Yet More Studies in the Ancient Greek Polis. Historia Einzelschriften. 117. Stuttgart: Franz Steiner Verlag. 1997. 39–82. ISBN 9783515072229.
• Tsetskhladze, Gocha R, redaktorThe Greek Colonisation of the Black Sea Area: Historical Interpretation of Archaeology. Historia Einzelschriften. 121. Stuttgart: Franz Steiner Verlag. 1998. ISBN 9783515073028.

• in site Odessa Numismatics Museum