Fəthi İbrahim Əbdülləziz Şəqaqi 1951-ci ildə Fələstində dünyaya gəlmişdir. Ailəsi Zərnuqəlı idi. Zərnuqə Fələstindəki Yafaya bağlı olan kəndlərdən biridir. Şəqaqi dünyaya gəldikdən sonra ailəsi ilə birlikdə Qəzzə zolağındakı Rəfəhə köçdülər. Şəqaqi qaçqın düşərgəsində böyüdü. Hələ 15 yaşında ikən anasını itirdi.

O, Bəyr Zeyt universitetinə daxil oldu və orada riyaziyyat təhsili aldı. Oranın bitirdikdən sonra Qüdsdəki məktəblərdə 4 il müəllimlik etdi. Daha sonra tibb üzrə təhsil almaq üçün Qahirəyə getdi. Fələstinə qayıdaraq, Qəzzədəki xəstəxanalarda həkim olaraq fəaliyyət göstərdi.

Şəqaqi 15 yaşındaykən Camal Əbdül Nasirin milliyyətçi fikirlərinin təsiri altında idi. 1967-ci ildə düşüncəsində dəyişikliklər başladı. Dostlarından birinin Şəhid Seyid Qütbün "Yoldakı işarələr" adlı əsərini Şəqaqiyə hədiyyə etməsilə onda islami düşüncənin təməlləri yaranmağa başladı. Dr. Fəthi Şəqaqi "İxvani-Muslimin" ("Müsəlman Qardaşlar Cəmiyyəti") hərəkatından çox təsirlənmişdi. Oxuduğu illərdə Zəkaziq universitetində tibb, mühəndislik və siyasi elmlər sahəsində təhsil alan dostları ilə birlikdə "Fələstin İslami Cihad Hərəkatı"-nı qurdu.

Şəqaqi çox aktiv fəaliyyətinə görə dəfələrlə Fələstin və Misirdə həbs edilmişdi. 1979-cu il həbsinin səbəbi İran İslam İnqilabı haqqında yazdığı "Xomeyni: İslami həll və alternativ" adlı əsəri olmuşdur. Həbsdən buraxıldıqdan sonra, İslami fəaliyyəti davam etdirdiyinə görə yenidən həbs olundu. Növbəti dəfə həbsdən azad edilən Dr. Şəqaqi 1981-ci ildə məxfi şəkildə Fələstinə qayıtdı. 1983–1986-cı illər arasında da siyasi fəaliyyətinə görə Fələstində bir neçə dəfə həbs edildi. Onu həbs edənlər Şəqaqiyə mane ola bilməyəcəklərini başa düşmüşdülər. Çünki Şəqaqi həbs olunsa da, fəaliyyəti dayandırmır, məhbuslara islami prinsip və cihad ruhunu aşılayırdı. Bu səbəbə görə də 1988-ci ildə Fələstindən bəzi dostları ilə birlikdə Livanın cənubundakı Mərcuz-Zuhur bölgəsinə sürgün edilməsi haqqında qərar verildi. Şəqaqi burada bir il qaldıqdan sonra Suriyaya gedərək, orada məskunlaşdı.

Onu öldürmək istəyənlər dəfələrlə Şəqaqiyə qarşı sui-qəsd əməliyyatı həyata keçirmək istəsələr də, bunu bacara bilməmişdilər. Suriyada sui-qəsd etmək çox çətin olduğundan qəsdçilər Şəqaqinin ölkə xaricinə çıxmasını gözləyirdilər. Şəqaqi də təhlükəsizliliyini gözləyərək ölkə xaricinə çox az çıxırdı. Şəqaqinin ölümünü istəyənlərin onu Suriyada öldürməmələrinin səbəbi bu idi ki, sui-qəsd Suriyada edildiyi təqdirdə, bu iş suriyalıların qəzəbinə səbəb olacaqdı. Bunun üçün də, münasib bir yer kimi onun ölkə xaricinə getməsini gözləyirdilər. Şəqaqinin Maltaya gedəcəyini öyrəndikləri vaxt, əvvəlcə onu qaçırma planını qurdular. Sonra bu planı sui-qəsdlə əvəz etdilər. Şəqaqi Liviyada olan qaçqınların problemləri ilə əlaqədar olaraq, 1995-ci ildə İbrahim Savaş adı ilə Maltaya gedib Qəzzafi ilə görüşdü. Malta hava limanına endikdə Mossadın (İsrail Xüsusi Xidmət orqanı) adamları Şəqaqini gözləyirdilər. Mossad Şəqaqinin başqa bir adla Maltaya gəldiyini hava limanında sezmədi. Bir saat Maltada qalan Şəqaqi, Liviyaya keçdi. Şəqaqinin yanında cangüdəni yox idi. Onu "Fələstin Qurtuluşu Xalq Cəbhəsi"nin liderlərindən olan Tilal və Əbu Musa müşayiət edirdi.

Şəqaqi Qəzzafi ilə görüşdükdən sonra 26.10.1995-ci il tarixində Maltaya qayıtdı. O, bir gecəlik hoteldə qalmağı planlaşdırdı. Əşyalarını hotelə yerləşdirdikdən sonra bəzi işlərini həll edib hotelə dönərkən, bir motosiklet ona yaxınlaşdı və Şəqaqinin başına üç güllə vurdu. Aradan illər keçdikdən sonra, bir sionist yazar Şəqaqinin Mossadın adamları tərəfindən öldürüldüyünü etiraf etmişdi.

Şəqaqinin şəhadətindən sonra şəhidin cəsədinin dəfn edilməsi problemi yarandı. Malta rəhbərliyi Şəqaqinin cəsədini vermək istəmirdi. Ərəb ölkələri isə bununla razılaşmırdılar. Danışıqlardan sonra şəhidin cəsədi Liviyaya, oradan da Suriyanın paytaxtı Şama gətirildi. 31.10.1995-ci il tarixində Suriya və Fələstin müsəlmanları şəhid Şəqaqinin cəsədini gətirən təyyarəni qarşılamaq üçün meydanlara töküldülər. Bütün Fələstin hərəkatları da liderləri ilə birlikdə şəhidi qarşılamaq, ona olan sədaqətlərini göstərmək üçün meydanlarda idilər. Dəfn mərasimində (01.11.1995) 3 milyondan çox insan iştirak edirdi. Şəqaqi Yərmuk qaçqın düşərgəsindəki Şəhidlər Xiyabanında dəfn edildi. Şəqaqinin dəfn edildiyi gün İranda matəm elan olundu.

Dr.Fəthi Şəqaqinin sui-qəsd ilə öldürülməsinə əmr verən İsrailin o zamankı baş naziri İshaq Rabin, şəhidin şəhadətindən 10 gün sonra Yəmən əsilli Yiqal Amir adlı bir yəhudi tərəfindən öldürüldü.