Eyüpspor FK 1919-cu ildə Camal Kılıç, Şahap Efe və Fikri Balkanlı tərəfindən Eyüp İdman Yurdu adı ilə qurulmuşdur. İstiqlaliyyət müharibəsi illərində klubdakı bəzi şəxslərin müharibədə iştirak etdiyi üçün fəaliyyətini dayandıran klub müharibədən sonra yenidən fəaliyyətə başlayıb. 1927-ci ildə federasiyaya üzv olan Eyüpspor 1933-34 mövsümündə İstanbul 2-ci Liqasının çempionu olub və İstanbul Liqasına yüksəlib. 1956-cı ildə peşəkarlaşan Eyüpspor 1959-60 mövsümündə Yerli Liqada İstanbul çempionluğunu qazanıb. 1970-1971 mövsümündə 3-cü liqadan başlayan Eyüpspor, 3 mövsüm peşəkar liqalarda iştirak etdikdən sonra həvəskar liqaya düşü. 1982-1983 mövsümündə peşəkar liqadan, bu dəfə 2-ci liqaya qədəm qoydu. Ancaq yenidən aşağı liqaya düşən Eyüpspor 1 mövsüm həvəskar liqalarda oynadıqdan sonra 1984-cü ildən peşəkar liqalarda mübarizəni davam etdirdi.

2013-14 mövsümündə 2-ci liqadan 3-cü liqaya düşüb. 2014-15 Mövsümünü 3-cü Liqa 2-ci Qrupun lideri kimi başa vurdu və yenidən 2-ci Liqaya yüksəlməyi bacardı. 2018-19 2-ci Liqa Ağ qrupunda yer alan Eyüpspor mövsümə Ferruh Özgünlə başlayıb və 9-cu həftədən sonra Ekrem Alın rəhbərliyi altında liqada mübarizə aparıb. Keçirdiyi 34 matçda 12 qələbə, 10 heç-heçə və 12 məğlubiyyətə imza atıb. 46 xal toplayaraq qrupunu 9-cu pillədə başa vurub. Murat Özkaya mövsümdən sonra keçirilən ümumi qurultayda "Eyüpspor"un yeni prezidenti olub.

2020-21 mövsümündə 2-ci Liqa Qırmızı qrupu mövsümün bitməsinə 1 həftə qalmış çempionluğunu elan etdi və 37 ildən sonra 1-ci Liqaya yüksəldi. 2024-cü il aprelin 7-də "Altay"ı 4:1 hesabı ilə məğlub edərək tarixində ilk dəfə Super Liqaya yüksəlib.