1935-ci ildən və Estoniya 1940-cı ildə SSRİ tərkibinə daxil olana qədər nda cinayət qanunvericiliyində nəzərdə tutulan cəzalar arasında ölüm hökmü də var idi. Ölüm cəzasına məhkum edilmiş cinayətkarlar özlərini zəhərləyərək intihar yolu və ya dara çəkmə yolu ilə ölümlərini seçə bilərdilər.

Hərbi tribunal məhkumu güllələmə yolu ilə edam qərarını verə bilərdi. Belə hallarda, hökmü səkkiz nəfərdən ibarət silahlı komanda yerinə yetirirdi.

1940-cı ildən ölüm hökmləri Estoniya SSR Cinayət Prosessual Məcəlləsinə uyğun olaraq tətbiq olunurdu. 1970-cü ilə qədər edam cəzasına məhkum olunanların hamısı Tallindəki xüsusi kamerada saxlanılırdı. Daha sonra Estoniyada ölümə məhkum olanlarının hökmlərini SSRİ-nin digər şəhərlərində də icra edilməsi başlandı. 11 sentyabr 1991-ci ildə ölkədə sonuncu dəfə ölüm hökmü qərarı icra olundu, beləki qətldə günahlandırılan Reyn Orusta ənsəsinə atəş olunaraq edam edildi.

Ölüm cəzası Estoniya cinayət qanunvericiliyində 1998-ci ilə qədər qalmışdır, lakin Estoniya Respublikasının gələcək Avropa inteqrasiyasını dəstəkləyən siyasi elita 1990-cı illərin əvvəllərində ağır cinayətlərin nisbətinin artmasına baxmayaraq ölüm hökmünün ləğvi və onun ömürlük həbs cəzası ilə əvəzlənməsini dəstəkləyirdi. 13 yanvar 1997-ci ildə edam cəzasını qadağan edən Avropa İnsan Hüquqları Konvensiyasının 6 saylı Protokoluna üzv olma layihəsinin ratifikasiyasını müzakirə etməyə başladı.

2015-ci ildə Estoniya Kilsələri Şurası bir araşdırma apardı və 15 yaşdan 74 yaşa qədər olan 1002 nəfərdən təxminən 70%-ı xüsusilə ağır cinayətlər üçün edam cəzasının bərpasını dəstəklədiyini müəyyən etdi.