Ermənistanda Böyük təmizləmə prosesi əksər hallarda 9 iyul 1936-cı il tarixinə, Ermənistanın birinci katibi Tiflisdə Lavrenti Beriya tərəfindən öldürülməsi ilə bağlıdır. Bu, Beriya ilə Xanciyan arasındakı siyasi mübarizənin nəticəsi idi. Beriya əvvəlcə Xanciyanın ölümünü "intihar" adlandırmış, lakin tezliklə onu "quduz milliyətçi ünsürlərə" dəstək verdiyinə görə qınamışdır. Xanciyanın ölümündən sonra Beriya Ermənistanda ona sadiq adamları – Ermənistanın birinci katibi, isə Ermənistan NKVD-nin rəisi vəzifələrinə təyin etmidir. Beriyanın müttəfiqlərinin komandanlığı altında "düşmənlərə" qarşı kampaniya güclənmişdir. "Milliyətçilik" ifadələri şübhə doğurmuşdu və bir çox aparıcı erməni yazıçıları, rəssamları, alimləri və ziyalıları, o cümlədən , Yeğişe Çarens, , və başqaları edam və ya həbs edilmişdir. Amatuninin 1937-ci ilin iyununda Stalinə ünvanladığı məktubda yazdığına görə, Xanciyanın ölümündən sonra on ay ərzində 1365 nəfər həbs edillmişdir ki, onların da 900-ü "daşnak–trotskiçi"dir.

1937-ci ilin avqustunda Saak Ter-Qabrielyanın həbsi və ölümü repressiyalarda dönüş nöqtəsi olmuşdur. Muğdusi tərəfindən dindirilərkən Ter-Qabrielyan İrəvanda yerləşən NKVD binasının pəncərəsindən "ya tullanmış, ya da atılmışdır". Muğdusi və Amatuninin hadisə barədə ona məlumat verməməsinə görə Stalin qəzəblənmişdir. Buna cavab olaraq, 1937-ci ilin sentyabrında o, Ermənistan Kommunist Partiyasının təmizlənməsinə nəzarət etmək üçün Georgi Malenkovu, Mixail Litvin və daha sonra Anastas Mikoyanı göndərmişdir. Ermənistana səfəri zamanı Mikoyan Daniel Şahverdiyanı edam etməkdən xilas etməyə çalışmış, lakin buna nail ola bilməmişdi. Mindən çox adam həbs olunmuş, Ermənistan politbürosunun doqquz üzvündən yeddisi vəzifəsindən uzaqlaşdırılmışdı.Moskvadan edilən səfər həm də Beriya tərəfindən təsdiq edilmiş Ermənistan Kommunist Partiyasının yeni rəhbərliyinə təyin olunması ilə nəticələnmişdir.

Erməni Həvari kilsəsi də repressiyalardan xilas olmamışdır. 1929-cu ildən Stalinin rəhbərliyi altında kilsəyə qarşı sovet hücumları məlum idi, lakin Sovet İttifaqının erməni diasporu ilə əlaqələrini yaxşılaşdırmaq üçün bir anlıq yumşalmışdı. 1932-ci ildə olmuş və kilsənin rəhbərliyini öz üzərinə götürmüşdür, lakin 1930-cu illərin sonlarında Muğdusi və onun varisi başçılıq etdiyi Ermənistan NKVD-si kilsəyə qarşı hücumları bərpa etmişdir. Bu hücumlar 1938-ci ildə Xorenin qətli və Üçkilsə katolikatının bağlanması ilə yekunlaşmışdır. Buna görə məsuliyyəti əksər hallarda Beriyanın daşıdığı güman edilir. Bununla belə, Erməni Həvari kilsəsi ləğv edilməmişdo. Stalin İkinci Dünya müharibəsinin sonunda dinə qoyulan məhdudiyyətləri yüngülləşdirəndən sonra kilsə yenidən dirçəlmişdir. Kilsənin repressiyaları ilə yanaşı, 1949-cu ildə minlərlə erməni zorla Altay diyarına sürgün edilmişdir. Onların çoxu erməni diasporundan gəlmiş idi.

Stalinin ölümündən sonra Anastas Mikoyan 11 mart 1954-cü ildə İrəvanda etdiyi çıxışda Çarentsin reabilitasiyasına çağırış etmişdir. Bundan sonra Ermənistanda və yumşalma siyasəti başlamışdır.

• . Historical Dictionary of Armenia. Lanham, Maryland: Scarecrow Press. 2010. ISBN 978-0-8108-7450-3.
• Manoukian, A.S. . (erməni). № 1 (1). 18 September 2000: 27–41.
• Armenia: The Survival of a Nation (revised second). New York: St. Martin's Press. 1990. ISBN 978-0-312-04230-1.