28 yanvar 1865-ci ildə Qaudensdorf şəhərində anadan olmuşdur. Liberal bir yəhudi ailəsində böyüyən Emma atası kimyaçı və ixtiraçı Albert Ekşteyn (1824-1881), anası Amaliya Ekşteyn (1836-1921) vəfatından sonra onların yaratdığı kağız fabrikini öz əlinə aldı. Emmanın beş bacısı və dörd qardaşı var idi. İki qardaşı uşaqlıqda ölmüşdür. Bacısı Tereza, qardaşları Qustav və Fridrix sonradan müxtəlif sahələrdə tanındılar. Ekşteyn ailəsi Freydlər ailəsi ilə dost idi. Onlar bəzi bayramları birlikdə keçirirdilər. 1905-ci ildən Emma anası, erkən dul qalmış bacısı Tereza və qardaşı Qustav ilə birlikdə əkinçiliklə məşğul olmağa başladılar.

Emma Ekşteyn jurnalistika fəaliyyətinə başlamış və əsrin sonlarında Ziqmund Freydlə söhbətlərindən təsirlənərək bir neçə məqalə dərc etmişdi. Orada cinsi tərbiyə məsələlərini şərh etmişdir. 1899-cu ildə Die neue Zeit ("Yeni zaman") jurnalında uşaqların cinsi tərbiyəsi ilə bağlı məqaləsi çap edilmiş və məqalədə uşaqların valideynlərin cinsi münasibətləri ilə bağlı fikirlərinin tərbiyəvi əhəmiyyətini vurğulamışdır.

1908-ci ildə Neues Frauenleben jurnalında təxəllüslə psevdohermafrodit yazıçı Karl Baerin həyatına dair bir araşdırma yazısı nəşr etdirmişdir.

1910-cu ildə Dora Teleki tərəfindən edilən bir ginekoloji əməliyyatdan sonra Emma jurnalistikadan uzaqlaşdı və eyni zamanda Ziqmund Freyd ilə əlaqəsini bitirdi.

Beyin qanamasından 30 iyul 1924-cü ildə Vyanada dünyasını dəyişib.