O, 1852-ci ildə Almaniyanın Oyskirxen şəhərində dünyaya gəlmişdir. Bonn gimnaziyasını fərqlənmə diplomu ilə bitirmiş, oradakı universitetinə daxil olmuşdur. Dövrün məşhur alimləri-Fridrix Kekule, Avqust Kundt və Paul Qrotdan dərs almışdır. Müəllimi Kekulenin təsirilə kimyadan ayrılıb fizika sahəsinə keçsə də, 1872-ci ildə Strasburq Universitetində təhsilini davam etdirərkən Fişer yenidən kimya ilə maraqlanmağa başlamış, keçirdiyi müxtəlif təcrübələr nəticəsində fenilhidrazini (ətirli hidrazinlər qrupuna aiddir) ixtira edərək məşhurlaşmışdır. 22 yaşında elmlər doktoru adına layiq görülmüş və Strasburq Universitetində müəllim kimi fəaliyyətə başlamışdır.

Bir müddət burada çalışdıqdan sonra Münhen Universitetinə təyinat almış, burada bir sıra təcrübələr aparmışdır. Üzvi boyaların quruluşunu öyrənən alim onları fenilhidrazinin köməyilə araşdırmışdır. Uzun müddət Münhendə çalışdıqdan sonra Erlangen Universitetində kimya professoru vəzifəsinə keçmişdir. Orada da elmi tədqiqatlarını davam etdirən Fişer kofein, teobromin, quanin və sidik turşusu kimi üzvi birləşmələr üzərində təcrübələr aparmışdır. O, nuklein turşularının tərkibindəki quaninin rəngsiz kristal maddədən ibarət olduğunu ixtira etmiş və ona "purin" adını vermişdir.

Bu sahədə tədqiqatlarını davam etdirərək, purin qrupundan bir sıra üzvi birləşmələrin sintezinə müvəffəq olmuşdur. O yazırdı: "İnsan orqanizmi müdhiş laborotoriyadır. Burada ağlagəlməz sayda maddələrin sintezi baş verir. Zülallar, yağlar, karbohidratlar digər maddələri yaratmaq və onlara enerji vermək üçün parçalanırlar. Bəşəriyyət bu proseslərin sirrini açmaq istəyir, lakin biz məqsəddən hələ də xeyli uzaqdayıq. Bu sirləri açmaq üçün iki yol var, ya orqanizmin həyat fəaliyyəti nəticəsində əmələ gəlmiş maddələri tədqiq etmək, ya da hüceyrənin istehsal etdiyi maddələri sintez etməyə çalışmaq".

1885-ci ildə Vürtsburq Universitetində işləyən Fişer burada da purinlə bağlı tədqiqatlarını davam etdirmiş, həmçinin şəkər molekullarında stereokimyəvi problemlərlə də məşğul olmuşdur. 1874-cü ildə Yakob Vant-Qoffun karbon atomlarının asimmetrik yerləşməsi barədə hazırladığı nəzəriyyəyə əsaslanan Fişer şəkər qrupu atomlarının bütün mümkün transformasiya üsullarını tapmışdır.

1890-cı ildə o, laboratoriya şəraitində mannoza, fruktoza və qlükozanı sintez etməyə müvəffəq olmuşdu. Alim tədqiqatlar zamanı üzvi turşuları beşxlorlu fosforla birləşdirərkən yüksək reaksiya qabiliyyətlərinə malik yeni xloridləri aşkar etmişdir. Təcrübələr zamanı Fişer sidik turşusundan trixlopurini, onu kalium və yodlu hidrogenlə birləşdirərkən isə ksantini almışdı. Ksantini metil turşusu ilə birləşdirən zaman o, rəngsiz, kristallik, acı dadı olan və təbiətdə qəhvə dənələrində, çay yarpaqlarında mövcud olan kofeini əldə etmişdi. Sonrakı təcrübələr zamanı kimyəvi kofeinin təbii olanla eyniliyi aşkar edilmişdi.

1892-ci ildə Berlin Universitetinin Kimya İnstitutunun direktoru təyin edilən alim ömrünün sonunadək bu vəzifəni yerinə yetirmişdi. Burada çalışarkən fermentlərlə də məşğul olmuş və onların yalnız özlərinə uyğun gələn maddələrlə reaksiyaya girdiyini aşkar etmişdir. Zülalların tədqiqatı zamanı, onların tərkibindəki aminturşuları tapmış, daha sonra peptidləri (aminturşuların kombinasiyalarını) sintez etmiş, hidroliz (kimyəvi əlaqənin pozulduğu və suyun birləşdiyi kimyəvi reaksiya) zamanı aminturşuların sayına və tiplərinə əsaslanaraq zülalların qırxdan artıq növünü sinifləndirmişdir.

Emil German Fişer 1902-ci ildə "saxarin və purin qrupu maddələrinin sintezi sahəsində əldə etdiyi uğura görə" Nobel Komitəsi tərəfindən Nobel Kimya Mükafatına layiq görülmüşdü. O, təltifetmə mərasimində gördüyü iş haqqında demişdir: "Təbiətin sirlərini qoruyan pərdə tədricən qalxmaqdadır, lakin bu fikri hələlik yalnız karbohidratlara aid etmək olar. Əldə edilmiş bütün uğurlara baxmayaraq üzvi kimya elmi daha çətin maddələri-zülalları tam öyrənməyənədək həyatın sirri ortadan qalxmayacaqdır". Fişer Rokfeller fondunun yardımı ilə 1911-ci ildə Fiziki Kimya və Elektrokimya, üç il sonra isə Kömürün Araşdırılması İnstitutlarını yaratmışdır, lakin Birinci dünya müharibəsi zamanı kimyəvi maddələr çatışmadığına görə laboratoriya işini dayandırmışdı.

• Prussiya Elmlər Akademiyasının üzvü və Almaniya Kimya Cəmiyyətinin prezidenti olmuşdur.
• 1899-cu ildə Fişer Peterburq Elmlər Akademiyasının xarici müxbir üzvü seçilmişdir.

• Emil Fişer London Kral Cəmiyyətinin Devi medalı,
• Prussiyanın "Xidmətlərinə görə" və Maksimillian ordenləri,
• Oslo, Mançester, Brüssel və Kembric universitetlərinin fəxri doktoru adına layiq görülmüşdür.
• Elmə verdiyi töhfələrə görə Fişer 1906-cı ildə Alman kimya cəmiyyətinin Hoffman adına medalına layiq görülmüşdür,
• 1913-cü ildə Franklin Institutunun Eliot Kresson Qızıl medalına layiq görülmüşdür.

• 1875-ci il - fenil hidrazinin sintezi. Bu birləşmə aldehid və ketonlar üçün reaktiv kimi istifadə olunmuş, sonra da mo- nosaxaridlərin identifikasiyası üçün tətbiq edilmişdir.
• 1882-ci il - purin birləşmələrinin qurulu- şunun öyrənilməsi. Bu işlər sonralar kofeinin, teobrominin və s. sintezinə gətirib çıxardı.
• 1884-cü ildən başlayaraq karbohidratların miqyaslı tədqiqi, tərkibin və strukturun təyin edilməsi, nomenklaturanın işlənib hazırlanması.
• 1890-cı il - üzüm və meyvə şəkərinin sintezi.
• 1894-cü il - kimyəvi birləşmələrin sintezi üçün fermentlərin istifadəsi.
• 1899-cu ildən başlayaraq zülalların kimyası üzrə tədqiqatlar.
• 1901-ci il – amin turşuların analizinin efır metodunun işlənib hazırlanması, valin, prolin və oksiprolin amin turşuların kəşfı.
• 1902-cü il - dietilbarbitur turşusunun (veronal, barbital) kəşfi.
• 1907-ci il - polipeptidlərin kəşfi.

1919-cu ildə ölmüşdür.