Əslən Azərbaycanın Şəki şəhərindən olan Eldar Faiq oğlu Əfəndiyev 1954-cü il mayın 29- da Estoniya Respublikasının Narva şəhərində anadan olmuşdur.

1971–1972-ci illərdə Narvanın "Baltikalı" zavodunda tornaçı işləmişdir.

1972-ci ildə Azərbaycan Dövlət Pedaqoji İnstitutunun tarix fakultəsinə daxil olan Eldar Əfəndiyev burada iki il oxuduqdan sonra öz təhsilini A.İ.Gertsen adına Leninqrad Dövlət Pedaqoji İnstitutunda davam etdirmişdir. Ali təhsilini başa vurduqdan sonra Estoniyaya qayıdan Eldar Əfəndiyev Narva Dövlət Muzeyində elmi əməkdaş, sonralar isə 20 ildən artıq muddət ərzində (1979–1999 və 2001–2002-ci illərdə) direktor vəzifəsində çalışmışdır.

1990-cı illərdə E.Əfəndiyev Narva Muzeyinin YUNESKO-nun nəzdində Beynəlxalq Muzeylər Təşkilatı, 1992-ci ildə isə həmin muzeyin Baltik dənizi ölkələrinin beynəlxalq qala-muzey təşkilatına daxil edilməsinin təşkilatçısı olmuşdur.

1997-ci ildə Estoniyada aparıcı partiyalardan olan Mərkəzcilər Partiyasına daxil olmuşdur. Həmin illərdə o, eyni zamanda İda-Virumaa qəzasının yerli özünüidarəetmə ittifaqının sədr müavini vəzifəsində işləmişdir.

1999–2000-ci illərdə Narva şəhərinin meri olmuşdur. 2002-ci ildə E.Əfəndiyev Estoniya Respublikasının milli münasibətlər və məskunlaşma naziri təyin edilir. Estoniya Parlamentinin X və XI çağırışlarının deputatıdır. Estoniya Azərbaycan Parlamentlərarası işçi qrupunun rəhbəridir.

2004-cü ildə Tallin şəhərində fəaliyyətə başlayan "Bakılı" Klubunun təsiscilərindən biridir. Narva Humanitar Gimnaziyasının Qəyyumlar Şurasının üzvü, Pro Narva Mərkəzi İdarəsi Şurasının üzvü, Avropa Azərbaycanlıları Konqresinin birinci vitse-prezidenti, Dunya Azərbaycanlıları Əlaqələndirmə Şurasının İdarə Heyətinin üzvü, "Aleksandr kilsəsi"nin Şura üzvüdür.

1986-cı ildə Narva qalasında muzey proyektinə görə müəllif mükafatına, 1987-ci ildə Estoniya Mədəniyyət Fondunun birinci mükafatına, 1989-cu ildə D.Soros Fondunun qrantına layiq görülmüş, Estoniyanın 4-cü dərəcəli "Dövlət Gerbi" ordeni, sərhədyanı əməkdaşlıqda xidmətlərinə görə III dərəcəli "Xaçla", Azərbaycan Respublikasının "Birlik" ordeni, "Dostluq" ordeni və digər medallarla təltif olunmuşdur.

2006-cı il martın 13-də Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Sərəncamı ilə dünya azərbaycanlılarının həmrəyliyi sahəsində fəaliyyətinə görə "Tərəqqi" medalı ilə təltif olunmuşdur.

• Azərbaycan Diasporu Ensiklopedik Məlumatlar Toplusu