Hərbçi ailəsində dünyaya gələn Fonseka Paraqvay müharibəsində (1864–1870) göstərdiyi xidmətlərə görə mayor rütbəsinə yüksəldi. Siyasi cəhətdən mühafizəkar olan Fonseka imperatora bağlı bir əsgər idi. Ancaq imperator hökumətinin apardığı siyasətlə heç cürə barışmırdı. Rio-Qrande-du-Sul ştatına icra başçısı ikən zabitlərə siyasi söz azadlığının verilməsi barədə yazılan bir ərizəyə qol çəkdi. Bu səbəbdən II Pedro tərəfindən vətən xaini elan olundu və 15 noyabr 1889-cu ildəki inqilaba öndərlik etməyə başladı.

İnqilabın sonunda imperator II Pedro taxtdan endirildi və 1891-ci ilin fevral ayına qədər ölkəni idarə edən müvəqqəti hökumətin başına Deodoru da Fonseka gətirildi. 1891-ci ilin fevral ayında isə bir çox generalın dəstəyi ilə hakimiyyətə gəldi. Ancaq güclü bir ölkə başçısı ola bilmədi. Bir tərəfdən hökumətdəki müxalifətin güclənməsi, digər tərəfdən keçmiş imperatorun qızı Kontez İzabellanın xalq arasında hökumətə qarşı çıxışlar etməsi ölkəyə yeni bir vətəndaş müharibəsinin toxumlarını səpdi. Bütün bu səbəbləri göz önünə gətirərək 23 noyabr 1891-ci ildə vəzifəsindən istefa verdi.