Roma dövründə qəsəbə samariyalı Ginae kəndi kimi tanınırdı.

12-ci əsrdə Yakut əl-Həməvi Cenini "çoxlu bulaqlar olan kiçik gözəl şəhər" kimi təsvir etmişdir.

Osmanlı imperiyası dövründə Cenin eyniadlı naxiyanın (nahiyənin) mərkəzi idi, 1596-cı il siyahıyaalınmasına görə burada 8 təsərrüfat var idi. 1882-ci ildə əhalisi 3 minə yaxın idi, 2 ailə xristian, qalanları müsəlman idi.

1922-ci ildə əhalinin sayı 2637 nəfər idi, onlardan 7 yəhudi, 108 xristian, 215 hindu və sikx, qalanları isə müsəlman idi.

Şəhər 1930-cu illərdə Fələstinin İngiltərənin nəzarəti altında olduğu zaman şöhrət qazanmışdı. 1938-ci ilin yayında yerli ərəb Cenində ingilis müstəmləkəçi məmurunu öldürdü. Qətldə şübhəli bilinən yaraqlı qaçmaq istəyərkən tutularaq güllələnib. Buna baxmayaraq, Britaniya hakimiyyəti cəza olaraq şəhərin böyük bir hissəsinin yandırılmasına qərar verdi. Avqustun 25-də bu məqsədlər üçün Ceninə 4200 kiloqram partlayıcı gətirildi. Cenin əməliyyatı zamanı ingilislər yerli ərəbləri minalanmış hesab edilən ərazilərdə öz əsgərlərindən irəli getməyə məcbur etdirdilər. Yaxınlıqda mina ola biləcəyinə dair ən kiçik bir şübhə yaranan kimi bu üsul hər yerdə tətbiq olunurdu.

1996-cı ildə Cenin yaxınlığında Ərəb Amerika Universiteti yaradıldı və 2000-ci ilin sentyabrında tələbələr təhsil almağa başladı.

2002-ci ildə İsrailin " Müdafiə divarı" hərbi əməliyyatı zamanı, Cenin qaçqın düşərgəsində döyüşlər zamanı İDF-nin Cenində törətdiyi qırğın yüzlərlə və minlərlə ölü haqqında PNA-nın bəyanatları var idi. — əsasən də mülki şəxslər. PNA, İsrail, BMT və HRW-nin sonrakı hesablamalarına görə, Fələstin tərəfindəki döyüşlər zamanı qadın və uşaqlar da daxil olmaqla 52–57 nəfər həlak olub. İsraillilər şəhəri "Fələstin terrorunun mərkəzi" , "Tənzim"-in başçısı isə " 11 sentyabr hücumlarından" iki həftə sonra "Kamikadzelərin paytaxtı" adlandırırlar.