Məscidin camaatı 1961-ci ildə qurulmuşdur və ilk görüşü bir dəri mağazasında baş tutmuşdur. Məscidin yerləşdiyi tikili 1930-cu ildə Con Frensis Braun tərəfindən Hay-Park Presviterian Kilsəsi kimi tikilmişdir. 1969-cu ildə Səudiyyə Ərəbistanı kralı Feysəl ibn Əbdüləziz Əl Səudun ayırdığı qrant sayəsində tikilini satın almış və Torontonun ilk daimi məscidinə çevirmişdir.

İlk dövrlərdə məsciddə ibadət edənlər arasında bir çox üzvləri olsa da, Torontonun şərqinə axın etməsindən və 1981-ci ildə qurulmasından sonra onların sayı azalmışdır.

Məscidin imamı olmuş İbrahim Hüseyn Malabarinin 2004-cü ildə konfransına dəvət etməsi mübahisəyə səbəb olmuş, bu barədə narahatlığını bildirmişdir. Belə ki, Əl-Sudeys daha əvvəllər yəhudilər haqqında "insan irqinin çirkabı, dünyanın siçavulları, peyğəmbərlərin qatilləri, meymun və donuzların nəvələri" kimi ifadələr işlətmişdi.

2017-ci ildə məscidin Kəşmirdə hindlərlə döyüşən pakistanlı militanlara dəstək üçün pul toplama kampaniyası apardığı üzə çıxmışdır. Nəticədə, kampaniyanı təşkil edən Şimali Amerika İslam Cəmiyyəti xeyriyyə təşkilatı statusunu itirmiş və 500.000 dollar məbləğində cərimə olunmuşdur.